1. 사실관계

○ (질의 1) 질의인은 환자의 장기요양 급여 신청에 필요한 의사소견서 발급비용에 대한 부담금을 의료기관에 지급하며 통상 청구일의 다음달 15일, 30일 2회에 걸쳐 지급함

 - 의사 소견서 발급비용은 건당 32,890원(본인부담 20%, 질의인 부담 80% (=26,312원))으로 1건을 기준으로 보면 원천징수세액이 789원(26,312원 × 3%)에 불과하여 소액 부징수에 해당하는 것이나,

 - 질의인은 의료기관의 청구 및 지급방법에 따라 소액 부징수로 보아 원천징수를 하지 않거나 원천징수를 하는 경우가 발생함

○ (질의 2) 질의인은 기초생활수급자 등을 위한 의료급여비용에 대한 청구액을 지방자치단체를 대신하여 의료기관에 지급하고 있음

 - 의료급여비용은 시군구별로 예치된 예탁금 범위 내에서 지급되며, 시군구별로 구분계리함

 - 질의인은 의료급여비용을 지급할 때 시군구별로 구분하여 지급하며, 시군구별로 지급 결정된 금액을 기준으로 소액 부징수 여부를 판단함

2. 질의내용

○ (질의 1) 국민건강보험공단(이하 ‘공단’)이 의사 소견서 발급비용에 대한 공단부담금을 의료업자 등에게 지급하고 이에 대하여 원천징수하는 경우

 - 소득법§86에 따른 소액 부징수 해당 여부를 판단함에 있어 의료업자 등이 청구한 각 건별로 해당여부를 판단하여야 하는 것인지, 각 건별 청구와 관련 없이 매 지급시점에 공단이 의료업자 등에게 지급하는 지급액의 합계액을 기준으로 판단하여야 하는 것인지 여부

○ (질의 2) 국민건강보험공단이 지방자치단체의 의료 급여비용 지급업무를 지방자치단체로부터 위임받아 의료업자 등에게 의료 급여비용을 지급하고 이에 대하여 원천징수 하는 경우

 - 소득법§86에 따른 소액 부징수 해당 여부를 판단함에 있어 각 지방자치단체별로 구분된 지급액을 기준으로 판단하여야 하는 것인지, 각 지방자치단체별 지급액과 관련 없이 의료 급여비용 지급업무를 위임받은 공단이 의료업자 등에게 지급하는 각 지방자치단체의 의료급여 비용 지급액의 합계액을 기준으로 판단하여야 하는 것인지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】

② 다음 각 호의 국세를 납부할 의무는 제1항에도 불구하고 각 호의 시기에 성립한다.

 1. 원천징수하는 소득세․법인세 : 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

○ 국세기본법 제22조【납세의무의 확정】

① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 제1항에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

 3. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

○ 소득세법 제86조【소액 부징수】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 소득세를 징수하지 아니한다.

 1. 제127조(같은 조 제1항제1호는 제외한다)에 따른 원천징수세액이 1천원 미만인 경우

○ 소득세법 제127조【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

 3. 대통령령으로 정하는 사업소득(이하 "원천징수대상 사업소득"이라 한다)

② 제1항에 따른 원천징수를 하여야 할 자(제1항제3호에 따른 소득의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권(授權) 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항을 적용한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 원천징수를 하여야 할 자를 "원천징수의무자"라 한다.

○ 소득세법 시행령 제184조【원천징수대상 사업소득의 범위】

① 법 제127조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사업소득"이란 「부가가치세법」 제26조제1항제5호 및 제15호에 따른 용역의 공급에서 발생하는 소득을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

 1. ∼ 2. (생략)

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

 5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

○ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】

법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

 1.「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만,「국민건강보험법」제41조제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

○ 소득세법 제144조【사업소득에 대한 원천징수시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급】

① 원천징수의무자가 원천징수대상 사업소득을 지급할 때에는 그 지급금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수하고, 그 사업소득의 금액과 그 밖에 필요한 사항을 적은 기획재정부령으로 정하는 원천징수영수증을 사업소득자에게 발급하여야 한다.