1. 사실관계

○ 당사는 공단폐수처리시설 민간위탁용역을 체결하고 순수위탁관리비와 폐기물처리비(시설관리공단 매립장 반입에 따른 매립비용)로 구분하여 계약시 순수위탁관리비만 매월 지급받고 있음

○ 폐기물처리비는 폐기물관리법상 배출자가 처리하도록 규정하고 있어 협약서상 ‘폐기물처리에 실제 소요되는 금액으로 정산한다’라고 명시하여 폐기물처리비만 이윤없이 별도 청구하고 있음

2. 질의내용

○ 폐기물위탁처리비 중 매립비는 지방자치단체에 당사가 이윤없이 단순대행하여 청구하고 있는데 부가가치세 과세표준 포함 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   5. 의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. <개정 2017.12.19>

  1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

○ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는의료보건 용역의 범위】

  법제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역으로 한다.

  12. ｢폐기물관리법｣ 제25조에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

○ 폐기물관리법 제6조 【폐기물처리시설 반입수수료】

① 제4조제1항 또는 제5조제1항에 따라 폐기물처리시설을 설치ㆍ운영하는 기관은 그 폐기물처리시설에 반입되는 폐기물의 처리를 위하여 필요한 비용(이하 "반입수수료"라 한다)을 폐기물을 반입하는 자로부터 징수할 수 있다.

② 제1항의 경우에 둘 이상의 지방자치단체가 공동으로 설치ㆍ운영하는 폐기물처리시설의 경우 해당 지방자치단체 간에 협의하여 수수료를 결정하여야 한다.

③ 반입수수료의 금액은 징수기관이 국가이면 환경부령으로, 지방자치단체이면 조례로 정한다.

○ 제도46015-12525, 2001.08.02

건설사업장 폐기물 수집ㆍ운반용역을 제공하는 사업자가 당해 폐기물 배출자로부터 그 대가를 받음에 있어 당해 폐기물 수집ㆍ운반 용역 공급대가와 함께 수도권매립지 또는 소각장에 반입시 자기가 부담하여야 하는 반입수수료 상당액을 받는 경우 부가가치세 과세표준은 당해 반입수수료 상당액을 포함한 전체 대가가 되는 것이며, 이 경우 당해 대가에 대하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것입니다.

○ 부가46015-1203, 1995.07.01

귀 질의 경우, 사업자가 농공단지 오ㆍ폐수처리장 위탁관리계약을 체결하여 관리용역을 제공하여 주고 그 대가로 관리비를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것입니다. 다만, 관리비 중 당해 위탁관리용역을 제공받는 자가 부담하여야 할 전기요금, 전화요금, 수도요금 등의 공공요금을 용역제공자가 징수하여 납입을 대행하는 경우에 당해 공공요금 등은 부가가치세가 과세되는 관리비에서 제외되는 것임.