1. 사실관계
○ 당 공사는 지방자치단체에서 100% 출자하여「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사로 다음 항목에 대하여 지방자치단체와 위수탁 계약을 체결하여 매년 대행사업비를 지급받고 있음
- 환경기초시설 위탁운영, 문화스포츠센터 위탁운영, 공영주차장 위탁운영, 종량제 봉투 위탁판매, 교통약자 이동지원센터 위탁운영 등
○ 당 공사는 지방자치단체로부터 상기 5개 위탁사업에 대하여 매년 또는 2~3년 단위로 위탁계약을 체결하고 매년 단가협의서 작성을 한 후 대행사업비와 대행수수료를 지급받고 있으며
연말에 정산을 통해 지급받은 대행사업비 중 미집행 금원은 다시 반납하고 있음
○ 당 공사가 위탁운영하고 있는 모든 시설물은 지방자치단체 소유이고 공공시설물에서 발생되는 모든 수입은 지방자치단체 세입계좌로 송금되고 있으며 지방자치단체는 별도의 예산을 편성하여 당 공사에게 대행사업비와 대행수수료를 지급하고 있음
2. 질의내용
○ 지방지차단체가 당 지방공사와 위수탁 계약을 체결하여 운영하는 위탁사업에 대한 면세 여부 및 대행수수료의 면세 여부
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】
⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다
22. 「지방공기업법」 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단
22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립된 지방공사
가. 시·군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것
나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것
다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것
⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.
1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업
2. 「부가가치세법 시행령」 제3조제2항에 규정된 사업
3. 부동산임대업
4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업
5. 수상오락서비스업
6. 유원지·테마파크운영업
7. 주차장운영업 및 자동차견인업
부칙 <제27848호, 2017.2.7>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
제23조(부가가치세의 면제 등에 관한 적용례)
① 제106조제7항제22호의2의 개정규정은 이 영 시행 전에 시ㆍ군 또는 자치구에서 설립한 지방공사가 「지방공기업법」 제78조 및 제78조의2에 따른 경영개선명령 등에 따라 공사ㆍ공단과 합병하거나 같은 법 제49조에 따른 설립 타당성 평가에 따라 자발적으로 공사ㆍ공단과 합병한 경우에도 적용한다.
○ 부가가치세과-1674, 2010.12.16
조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호 및 조세특례제한법 시행규칙별표10(정부업무대행단체의 면세사업) 제22호의 규정에 의한 부가가치세 면제는 지방공기업법 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단이 지방공기업법 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우에 한하는 것임.
