1. 사실관계

○ 당사는 서비스 건물관리용역업을 영위하는 법인으로 주식회사 ‘갑’에게 건설사업관리용역과 관련하여 세금계산서를 발급하고 2015년 제1기 부가가치세를 신고․납부함

 - 관할 세무서에서 해당 세금계산서에 대하여 가공매출로 확정하고 자료상 혐의자로 고발하였으며 가산세를 가산하고 부가가치세 과세표준을 차감하여 감액경정한 바 부가가치세 환급세액이 발생함

 - 검찰에서는 해당 거래에 대하여 불기소처분(혐의없음, 증거불충분)함

2. 질의내용

○ 기납부한 부가가치세의 환급이 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

○ 부가가치세법 시행령 제106조 【환급】

① 법 제59조에 따라 환급하여야 할 세액은 법 제48조·제49조 또는 이 영 제107조제5항에 따라 제출한 신고서 및 이에 첨부된 증명서류와 법 제54조에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표, 신용카드매출전표등 수령명세서에 의하여 확인되는 금액으로 한정한다.

② 관할 세무서장은 법 제57조에 따른 결정·경정에 의하여 추가로 발생한 환급세액이 있는 경우에는 지체 없이 사업자에게 환급하여야 한다.

○ 기획재정부 부가가치세제과-378, 2017.07.26

사업자가 아닌 자가 부가가치세를 신고・납부한 경우로서 「부가가치세법」제57조에 따른 납세지 관할 세무서장 등의 경정・결정으로 환급세액이 발생한 경우에는 「부가가치세법 시행령」제106조에 따라 환급하는 것임

○ 기획재정부 부가가치세제과-390, 2009.06.01

사업자가 가공매출에 대한 수정세금계산서를 발행하여 경정청구한 이후 과세관청의 자료상조사를 받고 일부 가공세금계산서에 대하여 부분자료상으로 확정된 경우 매출감액으로 발생하는 환급세액은 환급가능함