1. 사실관계

○ 사립학교교직원연금공단은 보유 중인 자산(회관)을 현재 매각 추진함에 따라 건물분 기준시가를 산정하여 건물의 부가가치세 산출을 위한 작업을 진행하고 있음

 - 건물의 부속건물인 주차장, 옥탑은 건물의 주용도인 업무시설, 대관시설, 판매시설 중 어느 하나에 귀속하기 어려움

2. 질의내용

○ 부속건물인 주차장, 옥탑은 회관의 주용도인 업무시설, 대관시설, 판매시설 중 어느 하나에 귀속 어려운 바 각 주용도별 면적을 기준으로 부속건물의 기준시가를 산정할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. <개정 2015.2.3, 2016.8.31>

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

○ 부가가치세과-639, 2013.07.12

사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에 토지와 건물 등의 공급가액의 계산은 「부가가치세법」 제29조에 따라 실지거래가액을 공급가액으로 하는 것으로, 실지거래가액 중 토지와 건물 등의 가액이 불분명한 경우 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분계산하는 것임

○ 서면인터넷방문상담3팀-1994, 2005.11.10

사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 부가가치세가 과세되는 건물 등의 과세표준은 실지거래가액에 의하는 것이나 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항의 규정에 따라 안분계산 하는 것이며, 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항 제1호의 단서규정에 의하면 토지와 건물 등의 기준시가에 의하여 안분계산하나 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 감정평가가액으로 안분계산 하는 것임