1. 사실관계
○ 당사는 국가를 대신하여 철도건설을 주업으로 하는 국토교통부 산하 공공기관으로 2016.6.24. 과세사업인 김포도시철도 건설사업 관련 ‘갑’사와 가로등주 구매설치계약을 체결하고 2017.10.30.까지 해당거래를 완료하기로 함
○ 계약당시 보증사에서 발행한 계약보증 및 선금지급에 대한 보증서를 받고 선금을 지급하고 부가가치세법 제17조에 따른 선발행세금계산서를 수취하여 매입세액공제를 받음
- 2016.9.9. ‘갑’사와 연락이 두절되었고 2016.8.31. 폐업신고한 사실을 인지함
- 2016.10.12. 당사의 내부절차를 통해 계약을 해제하였고 이를 근거로 보증사에 계약보증금과 선금반환을 요청하여 계약보증금과 선금 중 부가가치세를 제외한 공급가액 및 이자만 수취함
- 당사는 부가가치세를 포함한 선금이 망실되었고 기존에 공제받았던 매입세액을 다시 납부하여야 할 의무가 발생하였으므로 보증사에게 부가가치세 지급을 요청하였으나 보증사는 지급을 거부함
2. 질의내용
○ ‘갑’사가 폐업 등을 사유로 재화의 공급이 취소된 경우 당사가 ‘갑’사를 대신하여 매입자발행세금계산서를 발급하여야 하는지 여부
- 매입자발행세금계산서 발급시 작성일자는 당사가 인지한 날인지 폐업한 날인지 여부
- 폐업일자가 수정세금계산서 작성일자인 경우 폐업사실을 차후에 인지한 당사는 지연 발급 또는 미발급에 따른 가산세 부담여부
○ 수정세금계산서 발급여부와 관계없이 보증사로부터 수령하지 못한 부가가치세를 신고시 납부하여야 하는지 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제4조【과세대상】
부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급
2. 재화의 수입
○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.
○ 조세특례제한법 제126조의4 【매입자발행세금계산서에의한 매입세액 공제 특례】
① 「부가가치세법」 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다. <개정 2013.6.7>
② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」 제37조, 제38조 및 제63조제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다. <개정 2013.6.7>
③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 서면인터넷방문상담3팀-2958, 2007.10.31
사업자가 재화를 공급받고 세금계산서를 교부받은 후 당해 재화의 일부를 반품하였으나 당초 재화의 공급자가 수정세금계산서를 교부하지 아니하는 경우 당해 사업자는 「조세특례제한법」 제126조의4 규정에 의한 반품 재화에 대한 수정세금계산서를 공급자에게 교부할 수 없는 것이며,
수정세금계산서를 교부받지 못한 사업자가 그 반품일이 속하는 과세기간에 당초에 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 부가가치세를 신고·납부한 경우에는 「부가가치세법」 제22조 제5항의 규정에 따른 가산세를 적용하지 아니하는 것임
사업자가 중간지급조건부로 재화를 공급받기로 약정하고 계약금 및 중도금에 대한 세금계산서를 교부받아 부가가치세법 제17조의 규정에 의한 매입세액으로 공제 받았으나, 거래상대방의 폐업으로 당초 계약이 취소되어 재화를 공급받지 못한 경우에는 그 사유가 발생한 때가 속하는 과세기간에 당초에 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 정부에 납입하여야 하는 것입니다.
