정부출연금으로 취득한 재화 또는 용역에 대한 매입세액이 공통매입세액 안분계산 대상인지 여부

예규·판례

정부출연금으로 취득한 재화 또는 용역...

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과세기준자문

기준-2018-법령해석부가-0206

생산일자 2018.10.23.

AI 요약

요지

사업자가 정부 및 전문기관과 연구개발과제협약을 체결하여 정부출연금을 지원받아 연구과제를 수행한 후 그 연구결과물을 수취하기로 한 경우 해당 출연금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이며, 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 연구기자재 등을 구입하면서 부담한 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것임

회신

사업자(이하 “주관기관”)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 전문기관과 관계법령에 따라 연구개발과제협약을 체결하여 국책연구과제를 수행한 후 그 연구개발의 결과물(무형적 및 유형적)을 주관기관에 귀속시키기로 하고, 해당 연구개발과 관련하여 재화 또는 용역과 직접 관련 없이 정부 또는 정부의 위임을 받은 자로부터 정부출연금을 지원받은 경우 해당 출연금은 「부가가치세법」제29조제5항제4호에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이며, 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 연구기자재 등을 구입하면서 부담한 부가가치세액은 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

질의내용

1. 사실관계

○ 연료전지 제조업체인 ☆☆산업(주)(이하 “자문대상법인”)는 국가(과학기술정보통신부), 전문기관(한국연구재단), 사업단(한국항공우주연구원)이 발주한 국책연구과제의 주관기관으로서

- 국책연구과제를 수행하면서 지급받은 정부출연금을 「부가가치세법」제29조제5항제4호의 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당하는 것으로 보아 전액 부가가치세 과세표준에서 제외하였고,

- 국책연구과제 수행에 필요한 연구기자재 등을 정부출연금과 민간부담금(주관기관 부담)으로 매입하고 관련 매입세액은 전액 공제하여 신고하였음

○ 본건 매입세액은 2018.2.14. 이후 공급하는 용역과 관련하여 2018.2.14. 이후 매입한 매입세액 중 실지 귀속을 알 수 없는 공통매입세액을 의미함

○ 자문대상법인이 국책연구과제를 수행하면서 체결한 협약*내용에 따라 국책연구과제의 성과물은 자문대상법인에게 귀속 됨

※ 연구개발과제협약서(주요 내용)

○ 과제명 : 무인이동체용 액화수소 연료전지-이차전지 하이브리드 시스템 개발

○ 연구개발비(단위 : 천원)

구 분	정부출연금	기업부담금	계
1차 연도(2016년)	300,000	100,000	400,000
2차 연도(2017년)	150,000	50,000	200,000
3차 연도(2018년)	150,000	50,000	200,000
4차 연도(2019년)	100,000	33,334	133,334
계	700,000	233,334	933,334

○ 연구개발과제 수행기관 등

구 분	기 관 명
부처	과학기술정보통신부
전문기관	한국연구재단
사업단	한국항공우주연구원
주관연구기관	☆☆산업(주)

2018년 6월 7일

[협약당사자]

사업단 : 한국항공우주연구원 원장 ○○○

주관연구기관 : ☆☆산업(주) 대표자 ○○○

제2조(연구개발의 수행)

① 주관연구기관의 장과 주관연구책임자는 과학기술정보통신부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정 제12조에 따른 권한과 책임을 갖고 별첨1의 연구개발과제계획서(신청용) 및 별첨2의 연구개발과제계획서(협약용)에 따라 성실히 수행하여야 함

제3조(연구개발비의 지급)

① 사업단 단장은 한국연구재단(이하 “전문기관”)으로부터 연구개발비를 수령하면 주관연구기관의 장에게 다음과 같이 정부출연연구개발비를 지급함

제15조(지식재산권 및 발생품의 귀속 등)

① 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 연구기자재·연구시설 및 시작품 등 유형적 성과는 주관연구기관의 장이 소유로 함

② 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 지식재산권·연구보고서의 판권 등 무형적 성과는 개별 무형적 성과를 개발한 연구기관의 단독소유로 하고, 복수 연구기관이 공동으로 소유한 경우 그 무형적 성과를 개발한 연구기관의 공동소유로 함

2. 질의내용

○ 사업자가 국책연구과제의 주관기관으로서 해당 과제를 수행하고 국가로부터 정부출연금을 받은 경우

- 해당 출연금을 「부가가치세법 시행령」제81조제1항에 따른 국고보조금으로 보아 해당 연구과제를 수행하면서 부담한 매입세액을 안분계산하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. <개정 2016.2.17, 2018.2.13>

면세사업등에 관련된 매입세액	=	공통매입세액	×	면세공급가액
				총공급가액

○ 부가가치세법 시행규칙 제54조【공통매입세액 안분 계산】

② 영 제81조제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.