1. 사실관계

○ ☆☆역사(주)(이하 “질의법인”)는 영등포 민자역사의 건립 및 운영을 위하여 1988.9.30. 철도청장으로부터 1987.7.1.부터 2017.12.31. 까지 서울시 영등포구 영등포동 000-00 및 인근토지(이하 “본건토지”)에 대한 점용허가(이하 “본건 점용허가”)를 받았음

 - 철도청장은 「국유철도재산의 활용에 관한 법률(1995.12.6. 법률 제5027호로 공포되어 1996.1.1. 시행된 국유철도의 운영에 관한 특례법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것, 이하 “국활법”)」 제6조제1항에 의하여 본건 토지에 대한 점용허가를 하였음

○ 질의법인은 본건 점용허가 조건에 따라 본건 토지에 영등포 민자역사를 건설하여 그 중 역무시설(이하 “본건 역무시설”)을 1991.4.11. 준공과 동시에 무상으로 국가에 귀속시키고

 - 본건 역무시설이 아닌 영업시설(이하 “본건 영업시설”)을 1991.5.4. 개점하여 상가 및 주차장 등으로 운영하였음

○ 한국철도시설공단(구 철도청)은 관계 법령 및 산정기준에 따라 매년 점용료를 산출하여 질의법인에 고지하였으며 질의법인은 고지된 점용료를 납부하였으며

 - 점용료는 점용허가를 할 철도시설의 가액을 기준으로 산출한 금액(이하 “재산료”)과 점용허가를 받아 행하는 사업의 연간 매출액을 기준으로 산출한 금액(이하 “영업료”)을 참고하여 계산하되, 구체적인 점용료 산정기준에 대해서는 국토교통부장관이 정하도록 규정하고 있음

○ 질의법인은 본건 점용허가 기간이 2017.12.31.에 만료됨에 따라, 2017.9.21. 국토교통부와 한국철도시설공단(이하 “국토부등”)에 본건 점용허가 기간의 연장을 신청하였고 국토부등은 본건 점용허가 기간 연장신청과 관련하여

 - ① 국유철도 운영에 관한 특례법(2003.12.31. 법률 제7052호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 「한국철도공사법」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것, 이하 “국운법”) 제30조제1항에 따라 질의법인에 본건 토지의 원상회복을 명할 것인지,

 - ② 같은 조 제3항에 따라 질의법인의 원상회복의무를 면제하고 본건 영업시설을 국가에 귀속시킬 것인지,

 - 또는 ③ 같은 법 시행령 제23조제2항에 따라 본건 점용허가 기간을 연장할 것인지를 결정하기 위하여, 2017.9.13. 이해관계자 대상 간담회를, 2017.9.22. 본건 영업시설 임차업체 점주 및 종사자 대상 설명회를 개최하였음

○ 국토부등은 2017.11.10. 본건 점용허가 기간을 연장하지 아니하고, 만료 시 본건 영업시설을 국가에 무상으로 귀속하며, 「국유재산법」에 따른 사용허가를 통하여 질의법인에 2년 이내의 정리기간을 제공하기로 결정하였고(국토교통부 철도 민자역사 점용기간 만료시 처리방안)

 - 질의법인은 한국철도시설공단과 ‘사용허가기간을 2018.1.1.부터 2019.12.31.까지로 하고, 사용허가기한 만료일 6개월 이전까지 본건 영업시설 운영 신규 사업자 선정’을 골자로 하는 협약을 체결하였음(영등포 민자역사 국가귀속 이행 및 사용허가를 위한 협약서)

○ 질의법인은 위 협약에 따라, 2017.12.22. 본건 영업시설의 소유자를 국가(관리청 : 국토교통부)로 하는 소유권 이전등기를 경료하였으며(이하 “본건 국가귀속”)

 - 본건 국가귀속을 부가가치세 과세대상 거래로 보아 본건 영업시설의 감정평가금액인 1,391억원(부가가치세 139억원)을 공급가액으로 기재한 세금계산서를 국토교통부에 발행하였음

  1) 기부채납 시 해당 영업시설에 대한 장부가액은 “0”임

  2) 질의법인은 해당 매출부가세를 납부하고 세금과공과금 처리

  3) 국토부는 해당 세금계산서상의 매입세액을 불공제처리함(무상취득)

  4) 국토부는 해당 건물을 부동산임대사업(과세사업)에 사용 중임

○ 질의법인은 2017.12.22. 국토부등에 「국유재산법 시행규칙」제14조제1항에 따라 본건 영업시설에 대한 사용허가를 신청하였고

 - 한국철도시설공단은 「국유재산법」제32조 및 같은 법 제29조에 따라 본건 영업시설에 대한 2018년도 사용료를 196억원(부가가치세 19억원)으로 계산하여 2017.12.26. 질의법인에 고지하였으며

 - 질의법인의 사용료 납부 확인 후 2018.1.15. 「국유재산법」제30조에 따라 질의법인에 본건 영업시설 사용을 허가하였음

○ 본건 영업시설에 대한 사용료는 본건 토지의 개별공시지가와 본건 영업시설의 시가표준액을 합한 금액에 「국유재산법 시행령」제29조제1항에 따른 요율을 곱하여 산출되었음

2. 질의내용

○ 사업자가 철도용지 점용허가기간 만료에 따라 민자역사 내 영업시설을 국가에 무상귀속시키는 경우 부가가치세 과·면세 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】

① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

 3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

 1. 역무를 제공하는 것

 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제12조【용역 공급의 특례】

② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

 20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 국유철도재산의 활용에 관한 법률(1995.12.6. 법률 제5027호로 공포되어 1996.1.1. 시행된 국유철도의 운영에 관한 특례법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

제6조【점용허가】

① 철도청장은 철도재산에 건물 기타의 영구시설물(이하 “시설물”이라 한다)을 설치하고자 하는 자에게 국유재산법 제24조제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 시설물의 종류 및 기간등을 정하여 점용허가를 할 수 있다.

제9조【점용료】

① 점용권자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 철도청장에게 점용료를 납부하여야 한다.

제12조【원장회복의무】

① 점용권자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 재산을 원장으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원장으로 회복할 수 없거나 원장회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원장회복의무를 면제할 수 있다.

③ 제1항 단서의 규정에 의하여 원장회복의무가 면제된 때에는 당해 시설물은 국가에 귀속된다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다.

○ 국유철도재산의 활용에 관한 법률 시행령(2004.11.3. 대통령령 제18580호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 「한국철도공사법 시행령」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것) 제7조【점용허가기간】

① 철도재산의 점용허가기간은 다음 각 호의 기간이상으로 한다.

 1. 철골조·철근콘크리트조·석조 또는 이와 유사한 견고한 건물의 축조를 목적으로 하는 경우에는 30년

○ 국유철도의 운영에 관한 특례법(2003.12.31. 법률 제7052호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 「한국철도공사법」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

제24조【점용허가】

① 철도청장은 철도재산에 건물 기타의 시설물(이하 "시설물"이라 한다)을 설치하고자 하는 자에게 국유재산법 제24조제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 시설물의 종류 및 기간등을 정하여 점용허가를 할 수 있다.

제27조【점용료】

① 점용허가를 받은 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 철도청장에게 점용료를 납부하여야 한다.

제30조【원장회복의무】

① 점용허가를 받은 자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 철도재산을 원장으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원장으로 회복할 수 없거나 원장회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원장회복의무를 면제할 수 있다.

③ 철도청장은 제1항 단서의 규정에 의하여 원장회복의무가 면제되는 시설물을 국가의 소유로 할 수 있다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다.

○ 부칙(법률 제5027호, 1995.12.6.)

제2조(다른 법률의 폐지) 한국철도공사법 및 국유철도재산의활용에관한법률은 이를 각각 페지한다.

제5조(출자등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 국유철도재산의 활용에 관한 법률 제3조 및 동법 제6조의 규정에 의하여 철도청장이 출자하거나 점용허가한 재산은 이 법 제21조 및 동법 제24조의 규정에 의하여 철도청장이 출자하거나 점용허가한 것으로 본다.

○ 국유재산법(법률 제14841호, 2017.8.9. 시행)

제30조【사용허가】

① 중앙관서의 장은 다음 각 호의 범위에서만 행정재산의 사용허가를 할 수 있다.

 1. 공용·공공용·기업용 재산 : 그 용도나 목적에 장애가 되지 아니하는 범위

 2. 보존용재산 : 보존목적의 수행에 필요한 범위

제32조【사용료】

① 행정재산을 사용허가한 때에는 대통령령으로 정하는 요율과 산출방법에 따라 매년 사용료를 징수한다. 다만, 연간 사용료가 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우에는 사용허가기간의 사용료를 일시에 통합 징수할 수 있다.

제35조【사용허가기간】

① 행정재산의 사용허가기간은 5년 이내로 한다.