1. 사실관계

○ ㈜◈◈유통 및 ◇◇에너지(주)는 철도청(현, 한국철도시설공단*)과 1987.7.7. 서울민자역사를 개발하는 내용의 협약(이하 “쟁점협약”)을 체결하고

 - 1987.9.14. 민자역사 건설 및 운영을 목적으로 공동출자하여 서울청량리역사 주식회사(1995.8.28. ☆☆역사로 회사명을 변경하였으며, 이하 “질의법인”)를 설립하였음

  * 2005.1.1. 철도청이 공기업인 한국철도공사로 전환되면서 점용허가를 담당하던 철도청 건설부문은 국토교통부 산하의 한국철도시설공단에 인수됨

○ 질의법인은 1988.9.30. 철도청장으로부터 서울 중구 봉래동2가 000-00 철도용지 26,893.5㎡ 등 총 3필지 31,197.24㎡(이하 “본건 토지”)에 관하여 1987.7.31.부터 2017.12.31.까지 점용허가를 받았음

○ 질의법인은 쟁점협약에 따라 쟁점부지 지상에 건물(이하 “구역사”)을 신축하고, 1989.12.29. 영업시설은 질의법인의 소유로, 역무시설은 기부채납하여 국가의 소유로 각각 등기를 완료하였음

○ 이후 질의법인은 1999.12.17. 철도청과 서울통합역사 확충(KTX 운영관련 역무시설 확충) 관련 협약을 체결, 구역사와 별개동의 건물(이하 “신역사”)을 신축하고 신역사 내 역무시설과 기존 구역사 내 역무시설을 교환하기로 합의하였음

○ 상기 협약에 의거, 질의법인은 2007.11.26. 구역사 내 역무시설을 신역사 내 역무시설과 교환하였으며 본 교환으로 인하여 구역사 건물 전체가 질의법인 소유의 영업시설로 변경되었으며,

 - 이러한 변경사항에 대하여 2008.1.25. 한국철도시설공단으로부터 점용(변경)허가를 받았음

○ 질의법인은 구역사 점용허가 만료일(2017.12.31.)을 앞두고 2017.9.21. 한국철도시설공단에 점용허가 연장을 신청하였으나

 - 한국철도시설공단은 점용허가 만료 후 구역사를 국가에 귀속시킨다는 결정문*(민자역사관리단TF-278, 2017.11.10.)을 질의법인에 통보함으로써 점용허가 연장을 불허하였음

  * 점용허가 기간 만료 후 구역사는 국가로 귀속하며, 이와 별개로 「국유재산법」상 사용허가절차를 통해 2년 이내의 정리기간을 부여하되, 질의법인으로 하여금 해당 정리기간 동안 구역사 내 입점 소상공인에 대한 보호조치(임대차계약 정리 및 종사자 고용처리방안의 수립 등)를 이행하도록 함(2017.10.24. 철도산업위원회의결 및 2017.11.8. 정부방침)

○ 질의법인은 구역사 건물의 국가 귀속(이하 “쟁점거래”)과 관련하여 2018.1.5. 한국철도시설공단으로부터 구역사 건물의 감정평가액이 197억원임을 통보받았고

 - 이에 2017.12.31.을 발행일로 하여 공급가액 197억원(부가가치세 19억원)의 전자세금계산서를 발급하고 2017년 제2기 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고납부하였음

  1) 기부채납 시 구역사의 대한 장부가액은 “0”임

  2) 질의법인은 해당 매출부가세를 납부하고 세금과공과금 처리

  3) 국토부는 해당 세금계산서상의 매입세액을 불공제처리함(무상취득)

  4) 국토부는 구역사를 부동산임대사업(과세사업)에 사용 중임

○ 질의법인은 2년 이내의 정리기간 동안 「국유재산법」에 따라 구역사 사용료를 부담함

2. 질의내용

○ 사업자가 철도용지 점용허가기간 만료에 따라 구 철도민자역사 건물을 국가에 무상귀속시키는 경우 부가가치세 과·면세 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】

① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

 3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

 1. 역무를 제공하는 것

 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제12조【용역 공급의 특례】

② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

 20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 국유철도재산의 활용에 관한 법률(1995.12.6. 법률 제5027호로 공포되어 1996.1.1. 시행된 국유철도의 운영에 관한 특례법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

제6조【점용허가】

① 철도청장은 철도재산에 건물 기타의 영구시설물(이하 “시설물”이라 한다)을 설치하고자 하는 자에게 국유재산법 제24조제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 시설물의 종류 및 기간등을 정하여 점용허가를 할 수 있다.

제9조【점용료】

① 점용권자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 철도청장에게 점용료를 납부하여야 한다.

제12조【원장회복의무】

① 점용권자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 재산을 원장으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원장으로 회복할 수 없거나 원장회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원장회복의무를 면제할 수 있다.

③ 제1항 단서의 규정에 의하여 원장회복의무가 면제된 때에는 당해 시설물은 국가에 귀속된다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다.

○ 국유철도재산의 활용에 관한 법률 시행령(2004.11.3. 대통령령 제18580호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 「한국철도공사법 시행령」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것) 제7조【점용허가기간】

① 철도재산의 점용허가기간은 다음 각 호의 기간이상으로 한다.

 1. 철골조·철근콘크리트조·석조 또는 이와 유사한 견고한 건물의 축조를 목적으로 하는 경우에는 30년

○ 국유철도의 운영에 관한 특례법(2003.12.31. 법률 제7052호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 「한국철도공사법」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

제24조【점용허가】

① 철도청장은 철도재산에 건물 기타의 시설물(이하 "시설물"이라 한다)을 설치하고자 하는 자에게 국유재산법 제24조제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 시설물의 종류 및 기간등을 정하여 점용허가를 할 수 있다.

제27조【점용료】

① 점용허가를 받은 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 철도청장에게 점용료를 납부하여야 한다.

제30조【원상회복의무】

① 점용허가를 받은 자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 철도재산을 원장으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원장으로 회복할 수 없거나 원상회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원상회복의무를 면제할 수 있다.

③ 철도청장은 제1항 단서의 규정에 의하여 원상회복의무가 면제되는 시설물을 국가의 소유로 할 수 있다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다.

○ 부칙(법률 제5027호, 1995.12.6.)

제2조(다른 법률의 폐지) 한국철도공사법 및 국유철도재산의활용에관한법률은 이를 각각 페지한다.

제5조(출자등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 국유철도재산의 활용에 관한 법률 제3조 및 동법 제6조의 규정에 의하여 철도청장이 출자하거나 점용허가한 재산은 이 법 제21조 및 동법 제24조의 규정에 의하여 철도청장이 출자하거나 점용허가한 것으로 본다.

○ 국유재산법(법률 제14841호, 2017.8.9. 시행)

제30조【사용허가】

① 중앙관서의 장은 다음 각 호의 범위에서만 행정재산의 사용허가를 할 수 있다.

 1. 공용·공공용·기업용 재산 : 그 용도나 목적에 장애가 되지 아니하는 범위

 2. 보존용재산 : 보존목적의 수행에 필요한 범위

제32조【사용료】

① 행정재산을 사용허가한 때에는 대통령령으로 정하는 요율과 산출방법에 따라 매년 사용료를 징수한다. 다만, 연간 사용료가 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우에는 사용허가기간의 사용료를 일시에 통합 징수할 수 있다.

제35조【사용허가기간】

① 행정재산의 사용허가기간은 5년 이내로 한다.