1. 질의내용

○내국법인이 2004년부터 부담한 공동연구비를 개발비(자산)로 계상한 후 2018년도에 금융감독원이 발표한 ｢제약·바이오 기업의 연구개발비 회계처리 관련 감독지침｣ 에 따라

 - 해당 공동연구비가 자산성이 없는 것을 확인하고 개발비로 계상한 금액 중 미상각잔액을 감액처리하고 전기오류수정손실(이익잉여금의 감소)로 계상한 경우 이익잉여금 감소상당액의 세무조정 방법임

2. 사실관계

○금융감독원은 ｢제약·바이오 기업의 연구개발비 회계처리 관련 감독지침｣을 발표하여 개발비 인식 요건을 강화하였음

○갑법인은 2018년 4월 금융감독원으로부터 ‘개발비 회계처리의 적정성 여부’에 대하여 감리를 받아

 - 개발비를 과대계상한 것을 인정하여 ’04년부터 ’17년까지 개발비로 계상한 공동연구비 부담액 중 미상각 잔액 상당액을 2018사업연도의 기초 이익잉여금 조정(차감)으로 회계처리함

3. 관련법령

○ 법인세법 제19조【손금의 범위】

 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

 ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 ③ ｢조세특례제한법｣ 제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

 ④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】

 법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

  5. 유형자산 및 무형자산에 대한 감가상각비

 22. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

○ 법인세법 제23조【감가상각비의 손금불산입】

 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제ㆍ감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제24조【감가상각자산의 범위】

 ① 법 제23조제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산

   바. 개발비 : 상업적인 생산 또는 사용전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(「산업기술연구조합 육성법」에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)

○ 법인세법 시행령 제26조【상각범위액의 계산】

 ① 법 제23조제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.

  6. 개발비 : 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년의 범위에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매 사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법

 ④ 법인이 제3항에 따라 상각방법의 신고를 하지 아니한 경우 해당 감가상각자산에 대한 상각범위액은 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법에 의하여 계산한다.

  4. 제1항 제6호의 자산 : 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 5년동안 매년 균등액을 상각하는 방법

○ 법인세법 시행령 제31조【즉시상각의 의제】

 ⑦ 시설의 개체 또는 기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우에는 당해 자산의 장부가액에서 1천원을 공제한 금액을 폐기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.

 ⑧ 감가상각자산이 진부화, 물리적 손상 등에 따라 시장가치가 급격히 하락하여 법인이 기업회계기준에 따라 손상차손을 계상한 경우(법 제42조제3항제2호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 해당 금액을 감가상각비로서 손비로 계상한 것으로 보아 법 제23조제1항을 적용한다.

○ 법인세법 시행령 제32조【상각부인액 등의 처리】

 ① 법 제23조제5항에 따라 법인이 상각범위액을 초과해 손금에 산입하지 않는 금액(이하 이 조에서 "상각부인액"이라 한다)은 그 후의 사업연도에 해당 법인이 손비로 계상한 감가상각비가 상각범위액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액(이하 이 조에서 "시인부족액"이라 한다)을 한도로 손금에 산입한다. 이 경우 법인이 감가상각비를 손비로 계상하지 않은 경우에도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입한다.

 ② 시인부족액은 그 후 사업연도의 상각부인액에 이를 충당하지 못한다.

○ 법인세법 시행령 제71조【임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도】

 ⑤ 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 법인이 제24조제1항제2호바목에 따른 개발비로 계상하였으나 해당 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점이 도래하기 전에 개발을 취소한 경우에는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입한다.

  1. 해당 개발로부터 상업적인 생산 또는 사용을 위한 해당 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 개선한 결과를 식별할 수 없을 것

  2. 해당 개발비를 전액 손비로 계상하였을 것

○ 법인세법 제42조【자산·부채의 평가】

  (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. ｢보험업법」이나 그 밖의 법률에 따른 고정자산의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)

  2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

 ② 제1항제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.

 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 제1항과 제2항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.

  1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것

  2. 고정자산으로서 천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것

  3.～4. (생략)

○ 법인세법 시행령 제78조【재고자산 등의 평가차손】

 ① 법 제42조제3항제2호에서 "천재지변·화재 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 사유를 말한다.

  1. 천재지변 또는 화재

  2. 법령에 의한 수용 등

  3. 채굴예정량의 채진으로 인한 폐광(토지를 포함한 광업용 고정자산이 그 고유의 목적에 사용될 수 없는 경우를 포함한다)

○ 법인세법 제43조【기업회계기준과 관행의 적용】

 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 ｢조세특례제한법｣에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다.

○ 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

 ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

 ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

 ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

 ④ 삭제

 ⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과·징수·감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.