질의요지

1. 국민주택 규모를 초과하는 주택을 임대사업을 영위할 목적으로 매입하였으나 임대가 되지 않아 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 분양으로 전환하는 경우 부가가치세가 면제되는지

2. 부가가치세 과세대상인 경우 당초 공제되지 아니한 매입세액을 환급받을 수 있는지

사실관계

○신청공사는 2009.4월 인천광역시 경제자유구역청으로부터 경제자유구역 내 송도지구의 공동주택용지 4개 필지를 매수하는 계약을 체결함

○신청공사는 2013.9월 2개 필지를 민간사업자에게 매각하려고 하였으나 해당 토지가「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」(이하 “경자법”) 제24조의2에 따른 외국인전용임대주택(이하 “외국인임대주택”)을 건설하여 공급하도록 의무화 되어있어 매각이 되지 않아

- 신청공사가 해당 토지를 매수하는 민간사업자로부터 외국인임대주택을 매입하는 조건으로 토지를 매각하였고 2016.12월, 2017.3월 민간사업자가 건설한 외국인임대주택을 취득하면서 매입세액 공제를 받지 아니하였음

○외국인임대주택은 입주자 모집을 위해 여러 차례 공고를 하였음에도 모집이 되지 않아 현재 전체 273세대 중 7세대만 임대 중이며

- 2018.4.17. 경자법이 임대공고 후 1년 이상 임대되지 아니한 외국인 전용 임대주택에 대하여 개발사업시행자는 관할 시도지사에게 분양전환 승인을 신청할 수 있도록 개정됨에 따라

- 신청공사는 2018.10.22. 임대공고 이후 현재까지 임대되지 아니한 외국인임대주택 266세대를 분양으로 전환할 예정임

관련법령

○ 부가가치세법 제5조【과세기간】

② 신규로 사업을 시작하는 자에 대한 최초의 과세기간은 사업 개시일부터 그 날이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다. 다만, 제8조제1항 단서에 따라 사업개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청한 날부터 그 신청일이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제6조【사업 개시일의 기준】

법 제5조제2항에 따른 사업 개시일은 다음 각 호의 구분에 따른다. 다만, 해당 사업이 법령 개정 등으로 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우에는 그 과세 전환일을 사업 개시일로 한다.

1. 제조업: 제조장별로 재화의 제조를 시작하는 날

2. 광업: 사업장별로 광물의 채취ㆍ채광을 시작하는 날

3. 제1호와 제2호 외의 사업: 재화나 용역의 공급을 시작하는 날

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제14조【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제43조【면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업 등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제85조【면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액 공제 특례】

① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

<경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법>

○ 제24조의2【외국인 전용 임대주택에 관한 특례】(2016.1.27. 법률 제13837호로 개정되기 전의 것) ☞ 2016.1.27. 개정 시 조문 삭제

① 개발사업시행자는 해당 단위개발사업지구 안 총주택공급세대수의 100분의 1부터 100분의 10까지에 해당하는 주택의 건설용지를 외국인을 위한 임대주택(이하 "외국인 전용 임대주택"이라 한다)의 건설용지로 공급하여야 한다.

② 「임대주택법」 제16조제1항에도 불구하고 외국인 전용 임대주택은 임대개시일부터 10년이 지나지 아니하면 이를 매각할 수 없다.

○ 부칙 <법률 제15570호, 2018.4.17.>

제2조(외국인 전용 임대주택의 건설용지 공급에 관한 경과조치 및 분양전환에 관한 특례)

① 이 법(법률 제13837호 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 일부개정법률을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 시행 전에 제9조제1항에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받았거나 변경승인을 신청한 개발사업시행자에 대해서는 제24조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 다만, 이 법 시행 후 외국인 전용 임대주택의 건설용지나 공급계획을 조정하는 내용으로 개발계획 또는 실시계획의 변경승인을 신청하여 승인을 받은 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항 본문에 해당하는 개발사업시행자는 제1항 본문에도 불구하고 임대공고 후 1년 이상 임대되지 아니한 외국인 전용 임대주택에 대하여 관할 시ㆍ도지사에게 분양전환 승인을 신청할 수 있다.

③ 토지가격의 정산, 분양전환가격의 산정 등 제2항에 따른 분양전환에 필요한 사항은 시ㆍ도지사가 개발사업시행자와 협의하여 정한다.