1. 사실관계
○A법인은 이동통신 서비스업을 영위하는 법인으로 ’10사업연도부터 연결납세방식을 적용하고 있으며
-’11.10.**. B법인을 설립하고 설립등기일이 속하는 ’11사업연도부터 연결자법인으로 추가하였음
○한편, A법인은 ’16.8.**. 실시한 B법인의 제3자 배정 유상증자로 인해 B법인의 발행주식총수의 전부를 보유하지 않게 됨에 따라 ’16사업연도부터 B법인을 연결자법인에서 배제하였는데
-B법인의 제3자 배정 유상증자는 개인주주 14명(20,000주 및 이하 “제3자 배정주식”) 및 「근로자복지기본법」제2조제4호에 따른 우리사주조합(1,000,000주)에게 배정되었음
○B법인은 ’18.9.**. 전자상거래 사업부를 인적분할하여 C법인을 설립하고
-같은 날 정보통신기술(ICT) 사업 등을 영위하는 D법인을 흡수합병하는 과정에서 주식매수청구권 행사에 따라 제3자 배정주식 전부와 우리사주조합에 배정하였던 주식 일부를 매수한 결과
-A법인은 ’18.9.**. 기준으로 B법인의 발행주식총수 70,000,000주 중 68,600,000주를 보유하게 되어 보유지분비율이 98.00%이 되었고
-그 외 주식(2.00%)은 ①B법인의 우리사주조합이 보유한 주식 2,000주 ②B법인의 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 2,500주 ③B법인이 보유하는 자기주식 1,395,500주로 구성되어 있음
○’18.12.31. 현재, 당초 B법인의 근로자가 우리사주조합을 통하여 취득한 주식 2,500주(이하 “쟁점주식”) 중 80주는 근로자가 제3자에게 양도하였고
-잔여 2,420주는 근로자가 B법인에서 전출 또는 퇴직한 후 개인주주로서 보유하고 있는 상태임
2. 질의내용
(질의1)내국법인의 연결납세방식의 완전지배 여부 판단 시, 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식으로서 해당 근로자가 제3자에게 매도한 주식을 포함하여 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 제외하는데
-해당 근로자가 전출 또는 퇴직하여 개인주주 지위에서 보유하고 있는 주식도 제외하는지 여부
(질의2) 연결자법인이 연결모법인의 완전지배를 받지 아니하게 됨에 따라 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니하였으나
-해당 자법인이 다시 완전지배를 받게 되는 경우 언제부터 다시 연결납세방식을 적용할 수 있는지
3. 관련법령
○법인세법 제1조【정의】
(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2013.1.1>
6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.
7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.
8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.
9. "연결모법인"(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 완전 지배하는 연결법인을 말하고, "연결자법인"(連結子法人)이란 연결모법인의 완전 지배를 받는 연결법인을 말한다.
○법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】
①다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인 [비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인 [청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 <개정 2011.12.31>]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.
②~ ④(생략)
⑤제1조제9호 및 이 장에서 "완전 지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수(주식회사가 아닌 법인인 경우에는 출자총액을 말하며, 의결권 없는 주식등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 전부(「근로복지기본법」 제2조제4호에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식으로서 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 보유하는 경우를 말하며, 내국법인과 그 내국법인의 완전자법인이 보유한 다른 내국법인의 주식등의 합계가 그 다른 내국법인의 발행주식총수의 전부인 경우를 포함한다.
⑥(생략)
○법인세법 제76조의9【연결납세방식의 취소】
①연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다. <개정 2015.12.15>
1.연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우
2.연결모법인이 완전 지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우
3.연결모법인의 완전자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우
4.제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우
5.연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우
6.연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 완전 지배를 받는 경우
②(생략)
③제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다.
④제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 제76조의13제1항제1호의 금액 중 각 연결법인에 귀속하는 금액으로서 대통령령으로 정하는 금액은 해당 연결법인의 제13조제1호의 결손금으로 본다.
⑤제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 제76조의18에 따라 납부한 연결중간예납세액 중 같은 조 제4항의 연결법인별 중간예납세액은 제64조제1항을 적용할 때에 같은 항 제2호의 중간예납세액으로 본다.
⑥제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 취소된 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 그 연결사업연도의 종료일까지의 기간과 취소된 날이 속하는 연결사업연도 종료일의 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 각각 1사업연도로 본다.
○법인세법 제76조의10【연결납세방식의 포기】
①연결납세방식의 적용을 포기하려는 연결법인은 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.
다만, 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없다. <개정 2013.1.1>
②(이하 생략)
○법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】
①연결모법인이 새로 다른 내국법인을 완전 지배하게 된 경우에는 완전 지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.
②법인의 설립등기일부터 연결모법인이 완전 지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다.
○법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】
①연결모법인의 완전 지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다. <개정 2011. 12. 31.>
②(생략)
③제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우에는 제76조의9제3항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. <신설 2015. 12. 15.>
④제1항에 따라 연결자법인이 변경된 경우 그 변경신고에 관하여는 제76조의11제3항을 준용한다. <개정 2015. 12. 15.>
○법인세법 시행령 제120조의12【연결납세방식의 적용제외 법인 등】
①법 제76조의8제1항 전단 중 "비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
1.비영리내국법인
2.해산으로 청산 중인 법인
3.법 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인
4.다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)으로부터 법 제76조의8제5항에 따른 완전지배를 받는 법인
5.삭제 <2010.12.30>
6.「조세특례제한법」 제100조의15제1항의 동업기업과세특례를 적용하는 동업기업
7.「조세특례제한법」 제104조의10제2항의 과세표준계산특례를 적용하는 법인
②법 제76조의8제1항 전단에서 "청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 제1항제2호, 제3호, 제6호 및 제7호의 법인을 말한다.
③(생략)
④법 제76조의8제5항에서 "「근로복지기본법」 제2조제4호에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식을 말한다.
1.우리사주조합이 보유한 주식
2.우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식(근로자가 제3자에게 매도한 주식을 포함한다)
3.제20조제1항제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 발행되거나 양도된 주식(주식매수선택권을 행사한 자가 제3자에게 양도한 주식을 포함한다)
⑤(이하생략)
○법인세법 시행령 제120조의13【연결납세방식의 적용신청 등】
①연결납세방식을 적용받으려는 내국법인과 해당 내국법인의 법 제76조의8제1항의 완전자법인(이하 이 조에서 "연결대상법인등"이라 한다)은 최초의 연결사업연도 개시일부터 10일 이내에 기획재정부령으로 정하는 연결납세방식 적용 신청서를 해당 내국법인의 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다. <개정 2014.2.21>
②제1항에 따라 연결납세방식 적용 신청서를 제출하는 연결대상법인등은 연결사업연도를 함께 신고하여야 한다. 이 경우 연결사업연도와 사업연도가 다른 연결대상법인등은 법 제7조제1항에 따라 사업연도의 변경을 신고한 것으로 본다.
③제1항의 신청을 받은 관할지방국세청장은 최초의 연결사업연도 개시일부터 2개월이 되는 날까지 승인 여부를 서면으로 통지하여야 하며, 그 날까지 통지하지 아니한 경우에는 승인한 것으로 본다.
○근로복지기본법 제41조【우리사주의 우선배정 및 우리사주매수선택권 부여의 제한】
우리사주제도 실시회사는 제38조 및 제39조에 따라 우리사주를 우선배정하거나 우리사주매수선택권을 부여할 때에는 다음의 제1호가 제2호의 100분의 20을 넘지 아니하도록 하여야 한다.
1.우리사주조합이 관리하고 있는 우리사주제도 실시회사의 주식, 신규로 발행하는 우선배정 주식 및 우리사주매수선택권을 행사할 때에 취득할 우리사주제도 실시회사의 주식을 합산한 주식 수
2.우리사주제도 실시회사가 신규로 발행하는 주식 및 우리사주 매수선택권을 행사할 때에 취득할 우리사주제도 실시회사의 주식과 이미 발행한 주식을 합산한 주식 총수
