○ 신청법인(또는 “본점”)은 사업장 확장을 위하여 2017년부터 다른 장소에 본건 건물^*을 신축하며 관련 세금계산서를 본점 명의로 수취하고 매입세액공제를 받음

* 공부상 노유자시설(노인복지시설)이며 지하1층～지상4층, 옥탑1층 건물임

○ 본건 건물이 2019.3. 완공되자 본건 건물을 사업장으로 한 A지점을 사업자등록하여 노인 복지시설(실버타운) 운영업 및 부동산임대업을 영위하던 중

 - 본건 건물의 일부에서 부가가치세가 면제되는 ｢노인장기요양보험법｣에 따른 장기요양사업을 영위하기 위하여 2019.10. B지점을 사업자등록하여 과‧면세 사업을 영위하고 있음

○ A지점이 운영하는 온라인 홈페이지에 따르면 일반 노인의 경우 3~4층에, 장기요양등급을 받은 노인은 1~2층에 입주할 수 있는 것으로 나타나고 그 외 옥상이나 1층 야외시설, 지하 일부 시설 등은 공통으로 사용하는 것으로 확인됨

2. 질의내용

○ 과세사업을 영위하는 본점이 다른 장소에 건물을 신축하며 본점 명의로 세금계산서를 수취하여 매입세액공제 받은 경우로서

 - 완공된 건물에 A지점을 설립하여 노인복지시설 운영업(과세)을 영위하다 건물 일부에서 노인장기요양사업(면세) 등을 영위하기 위해 B지점을 설립한 경우 면세전용 공급가액 산정방법 및 재계산 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

  1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

 ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산‧취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

  1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  4. 제10조제1항‧제2항‧제4항‧제5항 및 제12조제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우:자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

○ 부가가치세법 시행령 제66조【감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산】

 ② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조제1항‧제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.

  1. 건물 또는 구축물

 ③ 과세사업에 제공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 하되, 그 면세사업에 의한 면세공급가액이 총공급가액 중 5퍼센트 미만인 경우에는 공급가액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제2항 후단을 준용한다.

  1. 건물 또는 구축물

 ④ 제2항 및 제3항 각 호의 재화의 취득가액은 법 제38조에 따라 매입세액을 공제받은 해당 재화의 가액으로 한다.

 ⑤ 제2항과 제3항에 따라 경과된 과세기간의 수를 계산할 때 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 해당 재화가 공급된 것으로 보게 되는 경우에는 그 과세기간의 개시일에 해당 재화를 취득하거나 해당 재화가 공급된 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제41조【공통매입세액 재계산】

 감가상각자산에 대하여 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액이 공제된 후 공통매입세액 안분기준에 따른 비율과 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때는 그 재계산한 과세기간)에 적용되었던 공통매입세액 안분기준에 따른 비율이 5퍼센트 이상 차이가 나면 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제49조에 따른 해당 과세기간의 확정신고와 함께 관할 세무서장에게 신고‧납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제83조【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

 ① 법 제41조에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제38조제1항, 이 영 제81조 및 제82조에 따라 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산하였을 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율 간의 차이가 5퍼센트 이상인 경우에만 적용한다.

 ② 제1항에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 따라 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.<각호생략>

 ④ 제66조가 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니한다.

○ 부가가치세법 제43조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

 사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제85조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

 ② 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용하거나 소비하는 경우에 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 하되, 그 과세사업에 의한 과세공급가액이 총공급가액 중 5퍼센트 미만일 때에는 공제세액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

  1. 건물 또는 구축물

 ⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

○ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】

 법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(｢의료법｣ 또는 ｢수의사법｣에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

  14. ｢노인장기요양보험법｣ 제2조제4호에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동‧가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역

○ 노인장기요양보험법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

  3. "장기요양사업"이란 장기요양보험료, 국가 및 지방자치단체의 부담금 등을 재원으로 하여 노인등에게 장기요양급여를 제공하는 사업을 말한다.

  4. "장기요양기관"이란 제31조에 따라 지정을 받은 기관 또는 제32조에 따라 지정의제된 재가장기요양기관으로서 장기요양급여를 제공하는 기관을 말한다.