○ 자문대상조합은 지자체에서 ‘2017년 벼 병해충 단한번 방제 지원사업’을 위해 공고한 방제농약 구입 입찰의 낙찰자로 결정되어

 - 지자체와의 계약에 따라 농민에게 농약을 공급^*하고 지자체로부터 대가를 지급받았으며 이에 대하여 지자체에 10%의 세율을 적용한 세금계산서를 발급함

  *지자체가 자문대상조합에 지원대상 마을별 농약 공급내역을 통보하고 자문대상조합이 농가(농민)에 직접 공급함

○ 이후 지자체가 위 농약의 공급이 ｢조세특례제한법｣ 제105조에 따른 영세율 적용대상이라며 자문대상조합에 부가가치세 상당액의 반환을 요구하자 자문대상조합은 2019.10.1. 부가가치세 경정청구함

2. 질의내용

○ 지방자치단체가 농민에게 농약을 무상으로 공급하는 지방보조금 지원사업을 시행함에 있어

 - 지역농협이 지방자치단체와의 계약에 따라 농민에게 농약을 공급하고 지방자치단체로부터 대가를 받는 경우 영세율 적용 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

  5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가 및 지방자치단체와 ｢농업협동조합법｣, ｢엽연초생산협동조합법｣ 또는 ｢산림조합법｣에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회와 ｢농업협동조합법｣에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용‧축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

   나. ｢농약관리법｣에 따른 농약으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제2조【영세율 적용대상 농어민 등의 범위】

 ① ｢조세특례제한법｣ 제105조제1항제5호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 농민"이란 ｢통계법｣ 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 "한국표준산업분류상의 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "농민")를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다."

  1. 개인(｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제4조제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다)

○ 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제3조【영세율 적용대상 농‧축산‧임‧어업용기자재의 범위】

 ② 법 제105조제1항제5호 나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 ｢농약관리법｣ 제8조에 따라 농촌진흥청장에게 등록된 농약을 말한다. 다만, 저곡해충약(貯穀害蟲藥), 고독성 농약 및 어독성(魚毒性) 1급인 보통독성 농약을 제외한다.

○ 농약관리법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "농약"이란 다음 각 목에 해당하는 것을 말한다.

   가. 농작물[수목(樹木), 농산물과 임산물을 포함한다. 이하 같다]을 해치는 균(菌), 곤충, 응애, 선충(線蟲), 바이러스, 잡초, 그 밖에 농림축산식품부령으로 정하는 동식물(이하 "병해충"이라 한다)을 방제(防除)하는 데에 사용하는 살균제‧살충제‧제초제