1. 사실관계

○2018.5.9. ○○ 유한회사는 ｢중소기업창업 지원법｣ 제19조의2제1항의 ’엑셀레이터(창업기획자)‘^*로 등록함

*중소기업창업 지원법 제2조제4호의2에서 중소기업창업 지원법 제19조의5에 따른 개인투자조합을 결성할 수 있는 자

○2019.4월 ○○ 유한회사(업무집행조합원)과 다른 7명의 조합원은 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제13조에 따른 A개인투자조합을 설립하여 중소기업벤처부에 등록절차를 마치고 고유번호를 부여받음

-A개인투자조합의 규약상 ‘조합해산 시 조합자산에서 조합운용비용, 업무집행조합원에 대한 관리보수 및 성과보수를 차감하여 조합원의 출자비율에 따라 배분한다‘라는 내용의 규정을 명시함

○이후, A개인투자조합은 조합원의 출자금으로 G회사에 출자하여 비상장주식을 취득함

-2020.4.10. A개인투자조합은 비상장주식 ○○○주를 S투자조합에 매도하고 양도차익을 얻음

2. 질의내용

○ 개인투자조합이 출자하여 취득한 벤처기업의 비상장주식을 제3자에게 양도한 경우, 개인투자조합과 동 조합의 조합원 중 양도소득세 신고·납부 의무를 부담하는 주체 판단

○개인투자조합의 규약상 업무집행조합원에게 지급하기로 한 성과보수금을 필요경비로 보아 양도가액에서 차감하여 양도소득세를 산정할 수 있는지 여부

○ 양도소득세 산정 관련 대주주 요건 판단 시 개인투자조합을 기준으로 하는지 개별 조합원을 기준으로 하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 ｢소득세법｣ 제94조제1항제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

 4.벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

○ 소득세법 제88조【정의】

① 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1.“양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

○ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

①양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다

 3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

  가.주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등 (이하 생략)

  나.주권비상장법인의 주식등. (이하 생략)

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

①양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

○ 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】

①거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

   3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】

⑤법 제97조제1항제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

 1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

  가. ｢증권거래세법｣에 따라 납부한 증권거래세

  나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

  다. 공증비용, 인지대 및 소개비

  라.매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용

  마.가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로 기획재정부령으로 정하는 비용

○ 소득세법 시행규칙 제79조【양도자산의 필요경비 계산등】

②영 제163조제5항제1호마목에서 "기획재정부령으로 정하는 비용"이란 법 제94조제1항제3호에 따른 주식등을 양도하기 위해 직접 지출한 비용으로서 다음 각 호의 비용을 말한다.

 1.｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제58조에 따른 수수료로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 비용

  가. 위탁매매수수료

  나.｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제6조제8항에 따른 투자일임업을 영위하는 같은 법 제8조제3항의 투자중개업자가 투자중개업무와 투자일임업무를 결합한 자산관리계좌를 운용해 부과하는 투자일임수수료 중 다음의 요건을 모두 갖춘 위탁매매수수료에 상당하는 비용

   1) 전체 투자일임수수료를 초과하지 않을 것

   2) 주식등을 온라인으로 직접 거래하는 경우에 부과하는 위탁매매수수료를 초과하지 않을 것

   3) 부과기준이 약관 및 계약서에 적혀 있을 것

 2.｢농어촌특별세법｣ 제5조제1항제5호에 따라 납부한 농어촌특별세

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

①거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

 11. 제94조제1항제3호가목 및 나목에 따른 자산

  가. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 주식등

   1) 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30

   2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등

○ 소득세법 시행령 제167조의8【대주주의 범위】

①법 제104조제1항제11호가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다. <개정 2018.2.13>

 1. 주권상장법인대주주

 2. 주권비상장법인의 주주로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자
(이하 생략)

○국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체 등】

①법인(｢법인세법｣ 제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

 1.주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

②제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

 3.사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

○벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조【개인투자조합의 결성 등】

①벤처기업과 창업자에 투자할 목적으로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 출자하여 결성하는 조합으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 조합은 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소벤처기업부장관에게 등록하여야 한다. 등록한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

 1. 개인

 2.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자로서 투자 목적과 출자 규모 등 대통령령으로 정하는 기준을 갖춘 자

  가. 전문회사

  나. 모태조합 또는 한국벤처투자조합

  다. 중소기업에 대한 창업지원 및 투자를 하는 기관으로서 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 기관

②제1항에 따라 등록한 조합(이하 "개인투자조합"이라 한다)은 개인투자조합의 업무를 집행하며 조합의 채무에 대하여 무한책임을 지는 1인 이상의 업무집행조합원과 출자액을 한도로 하여 유한책임을 지는 유한책임조합원으로 구성한다. 다만, 업무집행조합원은 금융거래 등 상거래를 할 때 정당한 사유 없이 약정기일을 3개월 이상 지난 채무가 1천만원을 초과하여서는 아니 된다.

③제1항 각 호의 자가 제1항에 따라 조합을 결성하려는 경우에는 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조제8항에 따른 사모의 방법으로만 조합가입을 권유하여야 한다.

④개인투자조합의 출자금액, 조합원 수 및 존속기간을 포함한 등록 요건과 그 운영 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑪개인투자조합에 관하여 이 법에 규정한 것 외에는 ｢상법｣ 중 합자조합에 관한 규정을 준용한다. 다만, ｢상법｣ 제86조의4 및 제86조의9는 준용하지 아니한다.

○벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제5조【개인투자조합의 등록요건과 절차 등】

①법 제13조제1항제2호 각 목 외의 부분에서 "투자 목적과 출자 규모 등 대통령령으로 정하는 기준을 갖춘 자"란 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 자를 말한다.

 1. 사업내용에 벤처기업이나 창업자에 대한 투자 또는 이에 투자하는 조합에 대한 출자를 포함하고 있을 것

 2. 출자금액이 100만원 이상일 것

②법 제13조에 따른 개인투자조합(이하 "개인투자조합"이라 한다)은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

 1. 출자금 총액이 1억원 이상일 것

 2. 출자 1좌의 금액이 100만원 이상일 것

 3. 조합원 수가 49명 이하일 것

 4. 업무집행조합원의 출자지분이 출자금 총액의 100분의 5 이상일 것

 5. 존속기간이 5년 이상일 것

④제3항에 따른 결성계획에 따라 결성을 마친 개인투자조합의 업무집행조합원은 중소벤처기업부령으로 정하는 등록신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 결성총회 개최일부터 5일 이내에 중소벤처기업부장관에게 제출하여야 한다.

 1. 조합 규약

 2. 조합원 명부

 3. 조합원의 출자금액과 출자이행을 증명하는 서류

○ 상법 제86조의2【의의】

합자조합은 조합의 업무집행자로서 조합의 채무에 대하여 무한책임을 지는 조합원과 출자가액을 한도로 하여 유한책임을 지는 조합원이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

○ 상법 제86조의8【준용규정】

④합자조합에 관하여는 이 법 또는 조합계약에 다른 규정이 없으면 ｢민법｣ 중 조합에 관한 규정을 준용한다. 다만, 유한책임조합원에 대하여는 ｢민법｣ 제712조 및 제713조는 준용하지 아니한다.

○ 민법 제703조【조합의 의의】

①조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

○ 민법 제711조【손익분배의 비율】

①당사자가 손익분배의 비율을 정하지 아니한 때에는 각 조합원의 출자가액에 비례하여 이를 정한다.

○ 민법 제271조【물건의 합유】

①법률의 규정 또는 계약에 의하여 수인이 조합체로서 물건을 소유하는 때에는 합유로 한다. 합유자의 권리는 합유물 전부에 미친다.