○ 신청공사는 ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣(이하 “농어촌공사법”)에 따라 설립된 공사로 ｢조세특례제한법｣상 정부업무대행단체에 해당함

○ 신청공사가 시행하는 신재생에너지 사업(이하 “본건사업”)은 지방자치단체로부터 사업을 위탁받아 신재생에너지시설(지열‧지중열 냉난방시설, 폐열 재이용 시설 등)을 농업인등에게 지원하는 사업으로

 - 기존에는 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제48조제1항과 별표10(이하 “본건규정”)에 따라 본건사업이 면세되어 신청공사가 매출처인 지방자치단체에 계산서를 발급하고 매입처인 설치사로부터 공급받은 용역에 대한 매입세액은 불공제 하였으나

 - 2018.3.21. 본건규정이 개정됨에 따라 본건사업이 과세사업으로 전환되었음(2018.7.1. 이후 재화‧용역 공급분부터 시행)

○ (질의1관련) 신청공사는 AA시로부터 총사업비 285백만원의 친환경에너지보급사업을 위탁받아 2018.4월 공급시기 도래분에 대하여 계산서를 발행하였고(나머지는 2018.7.1. 이후 공급시기 도래) 2018.7.1. 전에는 해당 사업관련 매입은 발생하지 아니하였음

○ (질의2관련) 신청공사는 농업기반시설활용 재생에너지개발사업과 관련하여 (유)PP전력으로부터 건설용역을 공급받아 2018.6월 준공하였고(구축물) 관련 매입세액은 전액 불공제함

 - 또한 신청공사는 2017.8.월 DDD(주)와 수상태양광 발전설비건설 용역계약을 체결하여 2018.7.1. 현재 건설 중이었으며 2017.12월 공급시기 도래분에 대하여 세금계산서를 수취하고 관련 매입세액은 전액 불공제함

2. 질의내용

○ 한국농어촌공사가 지자체로부터 위탁받아 시행하는 신재생에너지사업이 법의 개정으로 2018.7.1. 이후 공급분부터 면세사업에서 과세사업으로 전환된 경우로서

 1. 개정규정 시행일 전 계약 체결 후 공급시기 도래분에 대하여 지자체에 계산서를 발급하고 시행일 후 잔여 부분의 공급시기가 도래하는 경우 부가가치세 과세 및 매입세액공제 범위

 2. 개정규정 시행일 전 면세사업용으로 취득하며 매입세액 불공제한 감가상각자산 및 시행일 현재 건설 중인 자산에 대하여 과세전환에 따른 매입세액공제 특례규정 적용 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. <단서생략>

  6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  4. ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농어촌공사

 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. <단서 및 각호생략>

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

 ① 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표 10【정부업무대행단체의 면세사업】(2018.3.21.－669호로 개정된 것)

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표 10【정부업무대행단체의 면세사업】(2018.3.21.－669호로 개정되기 전의 것)

○ 조세특례제한법 시행규칙 부칙 <제669호, 2018.3.21>

 제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 별표 10 제3호, 제5호, 제6호, 제15호 및 제47호의 개정규정은 2018년 7월 1일부터 시행한다.

 제5조(정부업무대행단체의 부가가치세 면제 사업 조정에 관한 적용례) ① 별표 10 제3호, 제5호, 제6호, 제15호, 제20호, 제37호, 제41호 및 제47호의 개정규정은 이 규칙 시행 이후 재화 또는 용역을 공급하는 경우부터 적용한다.

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때

  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

  3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호 <단서생략>

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 제43조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

 사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제85조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

 ① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

  1. 건물 또는 구축물

 ⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】

 ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

  4. 부가가치세:과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다.

○ 법인세법 제121조【계산서의 작성‧발급 등】

 ① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.