1. 사실관계

○A지주회사는 코스닥 상장사인 B법인의 최대주주인 甲으로부터 2015.11.13. B법인의 주식을 현물출자 받아 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣(이하 “공정거래법”)에 따른 지주회사^*가 됨

  * 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액 5,000억원 이상인 회사(법§2(1의2))

○甲은 A지주회사에 B법인 주식을 현물출자하는 대신에 A지주회사의 주식을 취득하였고,

 - B법인 주식의 현물출자에 대하여는 ｢조세특례제한법｣ 제38조의2에 따라 양도소득세 과세이연을 받음

○A지주회사는 발행주식의 균등유상감자를, 이와 별개로 甲은 본인 소유의 A지주회사 주식의 증여를 검토 중임

2. 질의내용

○ 현물출자로 취득한 지주회사 발행주식을 주주가 증여하거나, 지주회사가 발행주식을 유상감자하여 과세이연금액에 대하여 양도소득세 과세 시 적용하는 세율

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

7. "과세이연(課稅移延)"이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "신사업용고정자산등"이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다.

   종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × (신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액)

○ 조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2019.04.30. 법률 제16413호로 개정된 것)

① 내국법인의 내국인 주주가 2021년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2021년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

1. 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 "지분비율미달자회사"라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

 가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인

 나. 전환지주회사의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】(2019.07.01. 대통령령 제29849호로 개정된 것)

④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 「법인세법 시행령」 제80조의2제5항에 해당하는 주주등을 말한다.

⑦ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

⑤ 법 제44조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등"이란 피합병법인의 제43조제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주등을 말한다.

1. 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

2. 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

3.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」제6조제4항제14호 각 목의 요건을 갖춘 기업인수목적회사와 합병하는 피합병법인의 지배주주등인 자

○ 법인세법 시행령 제43조의4【상여금 등의 손금불산입】

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】(2019.07.01. 대통령령 제29849호로 개정된 것)

① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

② 삭제 <2010.12.30>

③ 삭제 <2010.12.30>

⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다.

1. 삭제 <2010.12.30>

2. 삭제 <2010.12.30>