○ 신청법인은 부동산시행, 부동산컨설팅업 등을 영위하는 법인으로 지식산업단지를 조성, 분양하기 위해 ’19.12월 토지 및 건물(이하 “본건 부동산”)을 취득하여 사업을 진행하다 사업환경의 변화로 사업이 중단되어 ’20.10월 본건 부동산을 매각하였음

○ 당초 건물을 철거할 목적으로 취득하여 거래금액 전액을 토지가액으로 하였으나 사업 중단으로 건물이 철거되지 아니하여 매각시 감정평가를 받아 토지 0,000억원, 건물 00억원에 양도하였음

○ 신청법인은 본건 부동산 취득과 사업시행에 필요한 자금조달을 위한 금융자문수수료, 사업성평가용역 수수료, 설계비, 신축공사 타절비 등을 지출하고 관련 세금계산서를 수취하였으며, 본건 부동산 매각과 관련하여 매각자문, 법률자문 수수료를 지출하고 세금계산서를 수취함

  * 신청법인은 부동산시행업→부동산매매업으로 주업종 정정

2. 질의내용

○ 지식산업단지를 조성하여 분양할 목적으로 토지‧건물을 취득하여 사업을 시행하던 중 사업 중단으로 토지‧건물을 매각하는 경우 사업시행 관련 및 부동산 매각 관련 매입세액의 공제 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  14. 토지

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

 법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

  2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

  3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제77조【사업과 직접 관련이 없는 지출】

 법 제39조제1항제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 ｢소득세법 시행령｣ 제78조 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. <단서생략>