1. 사실관계

○ ㈜□□은 금융업 관련 회사의 지배 및 경영관리 등을 영위하는 비상장법인임

○㈜□□의 ‘19.12월말 재무상태표상 총자산 ***억원 중 투자자산인 지분법적용투자주식이 ***억원으로 91.69%를 차지하고 있으며,

 - 해당 지분법적용투자주식에는 코스닥시장에 주권을 상장한 법인인 A회사가 발행한 주식 *,***,***주[(주)□□ 지분율 45.22%]가 포함됨

○ 신청인은 ㈜□□의 지분 40%를 보유하고 있어 해당 법인의 대주주로, 보유 주식에 대한 국외전출세 과세표준 신고 예정

2. 질의내용

○ 신청인이 보유 중인 비상장법인에 대한 국외전출세 과세표준 계산 시 양도가액인 출국일 당시 시가를 ｢소득세법｣ 제99조제1항제4호 및 동법 시행령 제165조제4항에 따른 비상장주식에 대한 기준시가 산정방법으로 평가할 때, 비상장법인이 보유하고 있는 상장주식가액을 순자산가치에 반영하는 방법

3. 관련법령

○ 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제118조의9【거주자의 출국 시 납세의무】

① 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 출국하는 거주자(이하 "국외전출자"라 한다)는 제88조제1호에도 불구하고 출국 당시 소유한 제94조제1항제3호가목 및 나목, 같은 항 제4호다목 및 라목에 해당하는 주식등을 출국일에 양도한 것으로 보아 양도소득에 대하여 소득세를 납부할 의무가 있다. <개정 2018.12.31, 2019.12.31>

 1. 출국일 10년 전부터 출국일까지의 기간 중 국내에 주소나 거소를 둔 기간의 합계가 5년 이상일 것

 2. 출국일이 속하는 연도의 직전 연도 종료일 현재 소유하고 있는 주식등의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주에 해당할 것

② 삭제 <2018.12.31>

③ 국외전출자의 범위 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제118조의10【국외전출자 국내주식등에 대한 과세표준의 계산】

① 제118조의9제1항에 따른 주식등(이하 "국외전출자 국내주식등"이라 한다)의 양도가액은 출국일 당시의 시가로 한다. 다만, 시가를 산정하기 어려울 때에는 그 규모 및 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따른다.

②～⑥ (생략)

○ 소득세법 시행령(2021.02.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제178조의9【출국일 시가 등】

① 법 제118조의10제1항 본문에 따른 시가는 법 제118조의9제1항에 따른 국외전출자(이하 “국외전출자”라 한다)의 출국일 당시의 해당 주식등의 거래가액으로 한다.

② 법 제118조의10제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 구분에 따른 방법을 말한다.

 1. 주권상장법인의 주식등:법 제99조제1항제3호, 제5호 및 제6호에 따른 기준시가

 2. 주권비상장법인의 주식등:다음 각 목의 방법을 순차로 적용하여 계산한 가액

  가. 출국일 전후 각 3개월 이내에 해당 주식등의 매매사례가 있는 경우 그 가액

  나. 법 제99조제1항제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 기준시가

○ 소득세법 제99조【기준시가의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. <개정 2016.12.20, 2017.12.19, 2019.12.31>

 1.～2. (생략)

 3. 제94조제1항제3호가목에 따른 주식등(대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식등은 대통령령으로 정하는 것만 해당한다): ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조제1항제1호가목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 가목 중 "평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월"은 "양도일ㆍ취득일 이전 1개월"로 본다.

 4. 제3호에 따른 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식등 중 제3호에 해당하지 아니하는 것과 제94조제1항제3호나목에 따른 주식등

　 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조제1항제1호나목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따르되, 장부 분실 등으로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득 당시의 기준시가로 한다.

 5.～7. (생략)　

②～⑥ (생략)

○ 소득세법 시행령 제165조【토지․건물외의 자산의 기준시가 산정】

①～② (생략)

③ 법 제99조제1항제3호 전단 및 같은 항 제4호 전단에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인"이란 각각 코스닥시장 또는 코넥스시장에 주권을 상장한 법인을 말하며, 법 제99조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제52조의2제3항에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 같은 항 중 "평가기준일 전후 2개월"은 "양도일ㆍ취득일 이전 1개월"로 한다. <개정 2005.2.19, 2010.2.18, 2013.8.27, 2018.2.13>

④ 법 제99조제1항제4호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다. <개정 2007.2.28, 2008.2.22, 2010.2.18, 2017.2.3, 2018.2.13>

 1. 1주당 가액의 평가는 가목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순손익가치"라 한다)과 나목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순자산가치"라 한다)을 각각 3과 2의 비율(법 제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다)로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 적은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 평가액으로 한다.

 가. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 1주당 순손익액 ÷ ｢금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률｣ 제2조제1호에 따른 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율

 나. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 법 제99조제1항제1호가목에 따른 기준시가) ÷ 발행주식총수

 2. 제1호를 적용하는 경우 법 제99조제1항제4호의 주식등(이하 이 호에서 "비상장주식등"이라 한다)을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1호에도 불구하고 ｢법인세법 시행령｣ 제74조제1항제1호마목에 따른 취득가액에 따를 수 있다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 경우에는 제1호 각 목 외의 부분에 불구하고 제1호나목의 산식에 따라 평가한 가액으로 한다.

 가. 법 제110조에 따른 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중인 법인과 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등

 나. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 1년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업 중에 있는 법인의 주식등

 다. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 결손금(｢법인세법｣상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액을 말한다)이 있는 법인의 주식등

 4. 제1호나목을 적용하는 경우 "발행주식총수"는 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 발행주식총수에 의한다.

⑤～⑪ (생략)