1. 사실관계

○ ***㈜(이하 ‘질의법인’이라 함)는 AAAA㈜의 완전자법인으로 종합정보보호서비스 및 컴퓨터시스템 통합 자문업 등을 영위하는 영리내국법인으로 ’19 사업연도부터 AAAA을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용하고 있으며

- ’20.12.31.을 합병등기일로 하여 법법§42②의 적격요건을 갖추어 BBB㈜^*(이하 ‘BB’라 함)를 흡수합병(이하 ‘본건 합병’이라 함)하고 BBB가 보유한 ㈜CCC 및 ㈜DDD 발행주식 총수를 승계할 계획임

*BBB는 AAAA(55%) 및 DDDD 유한회사(45%)(이하 ‘AAA의 주주들’이라 함)의 자회사이면서, ㈜CCC 및 ㈜CCC의 발행주식총수를 보유하여 지주사업을 주된 사업으로 영위하는 내국법인으로, ’14 사업연도부터 연결납세방식을 적용하고 있음

○ 질의법인은 본건 합병으로 BBB의 주주들에게 질의법인의 신주를 교부할 예정이므로 질의법인의 주주는 BBB의 주주들로 변경될 것이고

- 질의법인은 본건 합병 후 AAA의 완전 지배를 받지 않게 되어 AAA을 연결모법인으로 하는 연결집단에서 제외되며

- ㈜CCC 및 ㈜DDD의 발행주식총수를 보유하여 완전지배하게 되므로 ’21 사업연도부터 연결납세방식을 적용하고자 함

2. 질의내용

○내국법인이 다른 연결집단의 연결모법인을 흡수합병하는 경우 합병법인이 피합병법인의 연결자법인에 대해 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터 연결모법인으로서 연결납세방식을 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】

① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다. <개정 2013.1.1.>

○ 법인세법 제76조의9【연결납세방식의 취소】

① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다. <개정 2013.1.1, 2015.12.15>

1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우

2. 연결모법인이 완전 지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우

3. 연결모법인의 완전자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우

4. 제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우

5. 연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우

6. 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 완전 지배를 받는 경우

③ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다. <개정 2015.12.15>

○ 법인세법 제76조의10【연결납세방식의 포기】

① 연결납세방식의 적용을 포기하려는 연결법인은 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. 다만, 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없다. <개정 2013.1.1>

② 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우에는 제76조의9제3항 및 제4항을 준용한다. 이 경우 제76조의9제3항 중 "취소된 날이 속하는 사업연도"는 "연결납세방식이 적용되지 아니하는 최초의 사업연도"로 본다. <개정 2015.12.15>

③ 제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우 제1항에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고한 날이 속하는 연결사업연도의 종료일 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 1사업연도로 본다. <개정 2013.1.1.>

○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】

① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 완전 지배하게 된 경우에는 완전 지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.

② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 완전 지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다.

③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. <개정 2014.1.1>

○ 법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】

① 연결모법인의 완전 지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다. <개정 2011.12.31>

② 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액 또는 결손금을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015.12.15>

1. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 연결배제법인(제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하게 된 개별법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소득금액: 연결배제법인의 익금에 산입

2. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 연결배제법인의 결손금: 연결배제법인의 손금에 산입

3. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 해당 법인의 익금에 산입

4. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 해당 법인의 손금에 산입

③ 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우에는 제76조의9제3항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. <신설 2015.12.15>

④ 제1항에 따라 연결자법인이 변경된 경우 그 변경신고에 관하여는 제76조의11제3항을 준용한다. <신설 2011.12.31, 2015.12.15>

○ 법인세법 시행령 제120조의12【연결납세방식의 적용제외 법인 등】

① 법 제76조의8제1항 전단 중 "비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. <개정 2010.2.18, 2012.2.2, 2017.2.3>

1. 비영리내국법인

2. 해산으로 청산 중인 법인

3. 법 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

4. 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)으로부터 법 제76조의8제5항에 따른 완전지배를 받는 법인

5. 삭제 <2010.12.30>

6. 「조세특례제한법」 제100조의15제1항의 동업기업과세특례를 적용하는 동업기업

7. 「조세특례제한법」 제104조의10제2항의 과세표준계산특례를 적용하는 법인

② 법 제76조의8제1항 전단에서 "청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 제1항제2호, 제3호, 제6호 및 제7호의 법인을 말한다. <개정 2012.2.2.>

○ 법인세법 시행령 제120조의13【연결납세방식의 적용 신청 등】

① 연결납세방식을 적용받으려는 내국법인과 해당 내국법인의 법 제76조의8제1항의 완전자법인(이하 이 조에서 "연결대상법인등"이라 한다)은 최초의 연결사업연도 개시일부터 10일 이내에 기획재정부령으로 정하는 연결납세방식 적용 신청서를 해당 내국법인의 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다. <개정 2013.2.15, 2014.2.21>

② 제1항에 따라 연결납세방식 적용 신청서를 제출하는 연결대상법인등은 연결사업연도를 함께 신고하여야 한다. 이 경우 연결사업연도와 사업연도가 다른 연결대상법인등은 법 제7조제1항에 따라 사업연도의 변경을 신고한 것으로 본다.

③ 제1항의 신청을 받은 관할지방국세청장은 최초의 연결사업연도 개시일부터 2개월이 되는 날까지 승인 여부를 서면으로 통지하여야 하며, 그 날까지 통지하지 아니한 경우에는 승인한 것으로 본다. <개정 2013.2.15, 2014.2.21>

4. 관련예규