질의요지

○사업자가 ‘갑’ 사업자와 물류운영에 관한 위탁계약을 체결하고 갑은 ‘을’ 사업자에게, 을은 ‘병’ 사업자에게 해당 물류운영을 재위탁하는 경우로서 코로나 19 영향으로 계약 상 규정된 비용상한 금액을 초과하는 물류비용이 발생하자 ‘갑’, ‘을’과 합의하여 물류대행수수료를 추가 지급하기로 한 경우, 사업자가 갑에게 추가로 지급하는 해당 수수료가 손실보전금인지, 수정세금계산서 수취 대상인지 여부

사실관계

○신청법인은 오픈예정인 물류센터의 물류업무를 위탁하기 위하여 갑과 2019.3월 물류운영위탁계약을 체결하였고, 본건 물류운송구조는 신청법인이 갑에게 위탁하면 갑은 을에게 을은 병에게 위탁하는 다단계 위수탁 구조임

○물류운영 위탁계약에 따르면 물류대행수수료는 실비정산을 원칙으로 하면서 수탁자가 지출한 보관비·배송비·하역비 등 제반비용에 영업이익의 5%를 가산한 금액을 지급하기로 하되 비용상한 규정을 두어 물류대행수수료 총액이 원가의 상한요율을 초과하지 못하도록 계약을 체결하였음

○2020.3월물류센터 오픈 이후 신청법인은 갑에게, 갑은 을에게 물류대행용역을 공급받고 계약상 비용상한 규정에 따라 대가를 모두 지급하였으나 코로나 19 영향으로 인해 운송물량이 급증하여 물류비용 또한 비용상한 규정을 훨씬 초과하여 발생하게 되었고, 계약 상 비용상한 규정이 없는 을은 병에게 물류대행용역비 전체를 지급하여야 하나 일부만 지급하여 병이 부도위기에 봉착함

관련 법령

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. <각 호 생략>

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급