질의요지

○ 매도자가 건물과 토지를 매도하기로 계약한 후, 계약금과 중도금을 지급받고 세금계산서를 발급한 상태에서 매수자의 지위가 이전되는 경우

 - ①세금계산서 발급방법, ②매수자 지위 이전대가의 공급가액 계산 및 ③매수자 지위 이전과 관련 부담한 매입세액의 공제 여부

사실관계

○ 신청법인(이하 “매수자”)는 ｢부동산투자회사법｣에 따라 설립된 부동산투자회사로

 - 전남 **시 **지구 관광휴양단지 관광숙박시설(이하 “본건 부동산”)을 매입하여 임대사업을 진행할 예정임

○ 위탁자(이하 “매도자”)는 ○○○○신탁(주)(이하 “수탁자”)와 2017.*월 본건 부동산 개발사업에 관한 관리형토지신탁계약을 체결하고 수탁자 명의로 개발사업을 진행하였으며

 - △△△△(이하 “기존매수자”)는 2018.*월 위탁자와 본건 부동산매매계약(이하 “기존계약”^*)을 체결하면서 위탁자에게 계약금 및 중도금으로 000억원을 지급하고, 세금계산서를 발급받았음

 - 2020.*월 기존매수자는 위탁자, 수탁자와 부동산매매계약(이하 “기존계약의 변경”)중 일부 금액을 증액하면서 매매대금은 000억원으로 최종적으로 계약을 변경함

○ 신청법인은 2020.*월 위탁자, 수탁자, 기존매수자와 부동산매매계약^*(매수자변경계약, 매수자와 매수자 지위 이전계약 포함)을 체결하면서 2020.*월에 거래완결하기로 하고

 - 위탁자에게 잔금(000억원)을 지급하고, 기존매수자에게 기존매수자가 위탁자에게 기 지급한 계약금과 중도금 000억원 및 매수자지위 이전의 대가로 000억원을 지급할 예정임

 - 신청법인은 기존매수자, 위탁자, 수탁자간에 본건 부동산을 호텔로 운영하기 위한 임대차계약을 거래완결일에 승계할 예정임

  * 기존계약 및 부동산매매계약은 사업의 포괄양수도에 해당하지 아니함을 전제로 질의

○ 위탁자는 기존매수자로부터 계약금 등을 지급받으면서 감정평가서에 따라 토지(10.**%), 건물(89.**%)의 비율로 공급가액을 안분^*하여 계산서 및 세금계산서를 각각 발급하였으며

  * 본건 부동산매매계약서상 토지 및 건물의 실지거래가액의 구분이 불분명함

 - 이후 신청법인이 본건 부동산을 취득하기 위하여 의뢰한 2020.*월 기준 감정평가서 상의 토지, 건물의 가액비율은 각각 35%, 65%임

관련법령

○ 부가가치세법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

  ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조【재화공급의 특례】

  ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

   2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. <단서생략>

○ 부가가치세법 제15조 【재화의 공급시기】

  ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

   1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

   2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

   3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

○ 부가가치세법 제17조 【재화 및 용역의 공급시기의 특례】

  ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   14. 토지

○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. <개정 2017.12.19>

   1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. <단서생략>

  ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

   1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

   1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 공급받는 자의 등록번호. <단서생략>

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

 법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

   3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 민법 제98조 【물건의 정의】

본법에서 물건이라 함은 유체물 및 전기 기타 관리할 수 있는 자연력을 말한다.