질의요지

 ○ 「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사가 공공하수도 관리대행 사업을 지방자치단체로부터 위탁받아 수행하고 관리대행비를 받는 경우 「조세특례제한법」제106조에 따라 부가가치세 면제에 해당하는지 여부

사실관계

○ **도시공사(이하 “질의법인”, “지방공사”)는 **시(이하 “지자체”, “관리청”)가 출자하여「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사로서

  * **시가 100% 출자 설립한 유일한 지방공사이며, 별도의 지방공단은 없음

 - 2018.10월「하수도법」제19조의2 및 같은 법 시행령 제15조의2, 공공하수도시설 관리업무 대행지침에 따른 하수관거 및 공공하수도 관리대행업(1만㎥/일 이상)을 한강유역관리청에 등록 후

 - 지자체와 “**시 공공하수도시설의 운영관리 업무를 관리대행 하는 협약”(이하 ”단순관리대행협약“)을 체결하여 관리대행업자로서 공공하수도시설 관리업무를 수행하고 있음

○ 공공하수도 관리업무 대행지침에 따른 운영비 세부내역은 다음과 같음

<관리대행비 표준구성 세부항목>

○ 지방공사가 「하수도법」제19조의2에 따라 **시 공공하수도시설의 관리대행협약을 위탁받아 수행하고 관리대행비를 지자체에 청구하고, 지자체는 실청구일로부터 7일 이내에 지방공사에 지급함*(협약서 §17)

  * 공공하수도 외 다른 대행사업(장례식장운영, 종합운동장 운영)은 전체 운영비에 대하여 지자체와 연말에 후 정산을 함

○ 지방공사(관리대행업자)는 매월 관리대행업무의 처리성과를 관련 규정 또는 지자체(관리청)가 정하는 방법‧절차에 따라 지자체에 보고하고 확인 받아야 하며관리청은 관리대행업무의 처리성과와 관련하여 필요하다고 인정될 때 관리대행업자와 협의하여 조사할 수 있음(협약서 §15)

○ 지방자치단체장은 하수도서비스 제공에 있어 효율적, 정책적, 재정적, 서비스 개선 등을 고려하여 관리대행 여부를 검토하고 「하수도법 시행령」제15조의4①에 따라 평가한 결과 미흡한 경우 지방공사에 시정을 요구하며 지방자치단체장은 대행성과 평가를 단순관리 대행계약의 경우는 1년마다, 복합관리 대행계약의 경우는 5년마다 실시하여야 함

관련법령

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

  1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

 1. 역무를 제공하는 것

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

 6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세의 면제 등】

⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

 22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립된 지방공사 <신설 2017.2.7.>

  가. 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

  나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것

  다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

 1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업

 2. 「부가가치세법 시행령」 제3조제2항에 규정된 사업

 3. 부동산임대업

 4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업

 5. 수상오락서비스업

 6. 유원지ㆍ테마파크운영업

 7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

① 영 제106조제8항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

[별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업(제48조제1항 관련)

○ 하수도법 제19조의2 【공공하수도 관리대행업 등】

① 공공하수도관리청은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "관리대행업자"라 한다)에게 공공하수도의 운영ㆍ관리 업무를 대행하게 할 수 있다.

 1. 대통령령으로 정하는 시설ㆍ장비 및 기술인력 등의 요건을 갖추어 환경부장관에게 등록한 자

 2.「지방공기업법」 제2조제1항제6호의 사업을 수행하는 지방공사 또는 지방공단으로서 환경부령으로 정하는 바에 따라 환경부장관에게 신고한 자

③ 관리대행업자는 공공하수도 관리에 관한 사항을 기록ㆍ보존하는 등 대통령령으로 정하는 준수사항을 지켜야 한다.

④ 제1항에 따른 공공하수도 운영ㆍ관리 업무를 대행하는 사업(이하 "공공하수도 관리대행업"이라 한다)의 등록절차와 그 밖에 필요한 사항은 환경부령으로 정한다.

○ 하수도법 제19조의5 【관리대행 계약체결 및 계약해지】

① 제19조의2제1항에 따라 공공하수도관리청이 공공하수도 운영‧관리 업무를 관리대행업자에게 대행하게 할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 대행계약을 체결하여야 한다.

② 공공하수도관리청은 대행계약을 체결한 관리대행업자가 등록취소처분을 받은 경우에는 6개월 이내에 그 계약을 해지하고 다른 관리대행업자가 대행하게 하여야 한다.

○ 하수도법 시행령 제15조의2 【공공하수도 관리대행업의 등록기준 등】

① 법 제19조의2제1항제1호에 따라 공공하수도 관리대행업(이하 "관리대행업"이라 한다)을 등록하려는 자가 갖추어야 하는 장비 및 기술인력은 별표 1과 같다.

○ 하수도법 시행령 제15조의3 【공공하수도 관리업무 대행계약의 체결 등】

① 지방자치단체의 장은 법 제19조의5제1항에 따라 공공하수도 관리업무를 대행하게 할 때에는 다음 각 호의 구분에 따라 대행계약을 체결하여야 한다. <개정 2012.12.20>

 1. 공공하수도 시설개량을 포함하지 않는 관리업무의 대행 : 단순관리 대행계약

 2. 공공하수도 시설개량을 포함하는 관리업무의 대행 : 복합관리 대행계약

② 제1항제1호에 따른 단순관리 대행계약의 대행기간은 5년 이내로 하되, 제15조의4에 따른 성과평가 결과를 고려하여 5년의 범위에서 이를 갱신할 수 있다. <개정 2012.12.20>

③ 제1항제2호에 따른 복합관리 대행계약의 대행기간은 5년 이상 20년 이내로 한다. <개정 2012.12.20>

④ 환경부장관은 공공하수도 관리업무의 관리대행업자 선정기준 및 선정절차 등에 관하여 필요한 사항을 정하여 고시할 수 있다.

○ 하수도법 시행령 제15조의4 【성과평가】

① 지방자치단체의 장은 제15조의3에 따라 대행계약을 체결한 날부터 단순관리 대행계약의 경우는 1년마다, 복합관리 대행계약의 경우는 5년마다 대행성과를 평가하여야 한다. <개정 2012.12.20.>

② 지방자치단체의 장은 제1항에 따라 평가한 결과 미흡한 상항에 대해서는 수탁자에게 시정을 요구할 수 있다.

○ 지방공기업법 제2조 【적용 범위】

① 이 법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(그에 부대되는 사업을 포함한다. 이하 같다) 중 제5조에 따라 지방자치단체가 직접 설치ㆍ경영하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사업(이하 "지방직영기업"이라 한다)과 제3장 및 제4장에 따라 설립된 지방공사와 지방공단이 경영하는 사업에 대하여 각각 적용한다.

 1. 수도사업(마을상수도사업은 제외한다)

 2. 공업용수도사업

 3. 궤도사업(도시철도사업을 포함한다)

 4. 자동차운송사업

 5. 지방도로사업(유료도로사업만 해당한다)

 6. 하수도사업

○ 지방공기업법 제49조【설립】

① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하 “공사”라 한다)를 설립할 수 있다. 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 도지사 및 특별자치도지사(이하 “시·도지사”라 한다)는 행정안전부장관과, 시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 관할 특별시장·광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다.

② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.

③ 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민복리 및 지역경제에 미치는 효과, 사업성 등 지방공기업으로서의 타당성을 미리 검토하고 그 결과를 공개하여야 한다.

○ 지방공기업법 제71조【대행사업의 비용 부담】

① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.

○ 지방공기업법 시행령 제63조 【대행업무의 비용부담등】

① 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

② 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

 1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역 등에 소요되는 경비

 2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

 3. 사업의 종료후 결산이전 또는 시설물등의 인계이전까지의 사이에 시설물 등을 관리하는 데 소요되는 경비

 4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

 5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

③ 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.

⑤ 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 지방자치단체의 장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다.

○ 지방공기업법 제76조 【설립ㆍ운영】

① 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립할 수 있다.

② 공단의 설립ㆍ운영에 관하여는 제49조부터 제52조까지, 제53조제1항, 제56조제1항 및 제3항, 제57조, 제58조, 제58조의2, 제59조부터 제63조까지, 제63조의2부터 제63조의8까지, 제64조, 제64조의2, 제65조, 제65조의2, 제66조, 제66조의2, 제68조, 제69조, 제71조, 제71조의2부터 제71조의4까지, 제72조 및 제73조, 제75조의2부터 제75조의4까지의 규정을 준용한다. 이 경우 "공사"는 "공단"으로, "사장"은 "이사장"으로, "사채"는 "공단채"로 본다.