1. 사실관계

-종전에 보유하던 아파트가 재건축되어 2018년 12월 완성됨

 * 재건축 전 거주기간은 2년4개월이며 보유기간은 15년

-재건축주택으로 세대전원이 이사하여 1년6개월 가량 거주하다 2020년 9월에 양도

2. 질의내용

- 2020년부터 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우 표2(8%)에 따른 보유기간별 공제율을 적용하는데,

재건축 전 기존주택에 2년이상 거주한 경우 표2(8%) 장기보유특별공제를 받을 수 있는지, 아니면 재건축 후 신축주택에서 2년이상 거주하지 않아 표2(8%) 장기보유특별공제를 받을 수 없는지

3. 관련법령

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

  가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  ☞ 양도소득금액 = 양도차익(양도가액-필요경비)-장기보유특별공제액

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

○소득세법 시행령 제159조의3 【장기보유특별공제】[2018.10.23-29242호]

 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

○ 소득세법 시행령 부칙 <제29242호, 2018.10.23>

 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제159조의3의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

 제3조(장기보유특별공제에 관한 적용례) 제159조의3의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다.

○소득세법 시행령 제159조의3 【장기보유특별공제】☞ 2018.10.23. 제29242호로 개정되기 전의 것

 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

②법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

 1. 청산금을 납부한 경우

   [관리처분계획인가 후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가 후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가 전 양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

⑤법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

 2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

  가.청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

  나.기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 부동산거래관리과-447, 2010.03.23

[ 요 지 ]

재건축한 주택을 양도하는 경우로서 1세대 1주택의 비과세판정 및 장기보유특별공제율을 적용하는 보유기간은 멸실된 종전주택의 보유기간과 재건축기간 및 재건축한 신주택의 보유기간을 합산하는 것이며, 1세대 1주택의 비과세판정 시 거주기간은 멸실된 종전주택에서의 실제거주기간과 신주택에서의 거주기간을 합산하는 것임

○ 사전-2020-법령해석재산-0386, 2020.11.23

[ 답변내용 ]

재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공 및 청산금을 납부하고 관리처분계획등에 따라 취득한 1세대1주택에 해당하는 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서 기존주택에서는 2년 이상 거주했으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에는

청산금납부분 양도차익에 대해 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표 2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하지 아니하는 것입니다.

○ 서면-2020-법령해석재산-1806, 2020.06.08

[ 회 신 ]

귀 질의의 경우, A주택 양도시 「소득세법」제95조제2항 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 같은 법 제95조제4항에 따라 A주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 같은 법 시행령 제159조의3에 따른 거주기간은 A주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것입니다.

○ 기획재정부 재산세제과-34, 2017.01.16

[ 회 신 ]

노후 등으로 인하여 종전주택을 멸실하고 재건축한 주택으로서 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따른 비과세대상에서 제외되는 고가주택을 양도하는 경우, 해당 고가주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제액을 계산할 때 「소득세법」 제95조 제2항 표2에 따른 공제율은 종전주택의 부수토지였던 기간을 포함한 보유기간별 공제율을 적용하는 것임

○ 집행기준 89-154-35 재건축한 주택의 보유 및 거주기간 계산