○ 신청공단은 ｢어촌‧어항법｣에 따라 어촌·어항의 개발 및 관리, 어장의 효율적인 보전 및 이용 등을 위해 국가가 설립한 비영리공공기관이며

 - ’21.2.17. ｢조세특례제한법 시행령｣의 개정으로 신청공단이 정부업무대행단체에 지정됨에 따라 ’21.2월 지방자치단체(이하 “지자체”)로부터 위탁받은 본건 사업이 ’21.4.1.부터 면세 전환됨

○ 신청공단은 ’21.3.12. 본건 사업의 1차 선급금을 수취하여 지자체에 세금계산서를 발급하였고 질의일 현재 매입세액은 발생하지 아니함

2. 질의내용

○ 법령 개정으로 정부업무대행단체로 지정된 공단의 사업이 과세에서 면세 전환된 경우 전환 시행일 후 발생한 매입세액 공제 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때

○ 부가가치세법 제17조【재화 및 용역의 공급시기의 특례】

 ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.<각호생략>

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. <단서생략>

 ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

  1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. <단서생략>

  6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  59. ｢어촌‧어항법｣ 제57조에 따른 한국어촌어항공단

 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다.다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

  1. 소매업‧음식점업‧숙박업‧욕탕업 및 예식장업

  2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조제2항에 규정된 사업

  3. 부동산임대업

  4. 골프장‧스키장 및 기타 운동시설 운영업

  5. 수상오락서비스업

  6. 유원지‧테마파크운영업

  7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

 ② 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표10 [정부업무대행단체의 면세사업]

○ 조세특례제한법 시행령 부칙 <제31444호, 2021.2.17>

 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제58호‧제59호 및 제115조제3항부터 제19항까지의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행하고, 제104조의5제7항 및 제110조제1항의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하며, 제84조의 개정규정은 2023년 1월 1일부터 시행하고, 별표 6 제2호 아목의 개정규정은 2021년 6월 23일부터 시행한다.

 제11조(정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항제58호 및 제59호의 개정규정은 2021년 4월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.

○ 어촌‧어항법 제57조【한국어촌어항공단의 설립】

 ① 어촌‧어항의 개발 및 관리, 어장의 효율적인 보전 및 이용, 관련 기술의 개발‧연구, 관광 활성화 등을 효율적으로 수행하기 위하여 한국어촌어항공단(이하 "공단"이라 한다)를 설립한다.

○ 어촌‧어항법 제58조【공단의 사업】

 ① 공단은 제57조제1항에 따른 설립목적을 달성하기 위하여 다음의 사업을 수행한다.

  1. 어촌‧어항 및 어장에 관한 조사‧연구 및 정보화

  2. 어촌‧어항의 개발‧관리 및 이와 관련된 기술개발과 국제협력

  3. 어촌 및 어항 관계자에 대한 교육‧훈련

  4. 어촌종합개발사업 및 어항개발사업에 수반되는 조사‧측량‧설계‧감리 및 기술에 관한 용역업무 또는 시설물 안전점검‧유지‧보수 및 준설에 관한 위탁업무

  5. 국가‧지방자치단체 또는 공공단체가 위탁하는 사업

  6. 어촌‧어항 및 연안수역의 정화‧정비‧조사와 관련된 사업

  7. 어촌‧어항과 관련된 도서의 발간‧보급 및 홍보

  8. 어촌‧어항 및 어장과 관련된 관광자원의 개발‧관리 및 관광 활성화 사업

  9. 그 밖에 공단의 목적달성을 위하여 필요한 사업