1. 질의내용

○ ｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 한국수산자원공단이 같은 법 제55조의2제3항에 따른 업무를 지방자치단체(이하 ‘지자체)의 위탁을 받아 수행하고 사업비 및 위탁수수료를 수수하는 경우로서

 - 공단이 지자체에게 청구하는 사업비 중 일부를 민간 기업으로부터 직접 지급받고 나머지 사업비 및 위탁수수료는 지자체로부터 지급받는 경우(이하 “쟁점거래 ①”) 및

 -민간 기업에서 지자체에 일부 사업비를 지급하고 해당 민간 부담 사업비를 포함하여 사업비 전액을 지자체로부터 지급받는 경우(이하 “쟁점거래 ②”) 각각의 계산서 발급 방법

2. 사실관계

○ 한국수산자원공단(이하 ‘공단’)은 수산자원관리 사업 수행 등을 위하여 ｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 법인이며, ’21.2.17. ｢조세특례제한법 시행령｣의 개정으로 정부업무대행단체에 지정되었으며

 - 이에 따라 공단이 ｢수산자원관리법｣ 제55조의2제3항의 사업 중 국가‧지방자치단체의 업무를 위탁받아 수행하는 사업은 ’21.4.1. 이후 공급 분부터 면세로 전환됨

○ 공단은 ’21.3 전남 **군과 “해삼 씨뿌림사업 대행 협약”을 체결하여 해삼 자원조성을 위한 해삼종자방류 업무를 대행하고 **군으로부터 사업비와 위탁수수료를 지급받기로 하였으며

 - 대행업무의 범위는 해삼종자 생산현황 및 기초단가 조회, 방류 예정 어촌계와 협의하여 방류 장소 학인, 건강종자 매입 및 방류 등에 관한 사항이며

 - **군은 공단의 대행업무의 처리와 관련하여 필요한 사항을 보고하게 하거나 지도․감독할 수 있고 사업수행과 관련하여 발생되는 사고와 민원 등 분쟁사항에 대하여는 공단이 책임을 지고 해결해야 함

3. 관련법령

○ 법인세법 제121조【계산서의 작성․발급 등】

① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

 ⑥ 「부가가치세법」에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서등을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

○ 법인세법 시행령 제164조【계산서의 작성·교부 등】

 ① ｢소득세법 시행령｣ 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성·교부에 관하여 이를 준용한다.

○ 소득세법 시행령 제212조【매출‧매입처별계산서합계표의 제출 등】

 ② 제211조의 계산서의 작성‧교부 및 제1항의 매출‧매입처별계산서합계표의 제출에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 ｢부가가치세법｣ 제32조부터 제35조까지 및 제54조와 같은 법 시행령 제69조부터 제72조까지 및 제97조부터 제99조까지의 규정을 준용한다.

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우:그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.<각호생략>

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. <단서생략>

  6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  58. ｢수산자원관리법｣ 제55조의2에 따른 한국수산자원공단

 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. (단서 생략)

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

 ② 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표10 [정부업무대행단체의 면세사업]

○ 조세특례제한법 시행령 부칙 <제31444호, 2021.2.17>

 제11조(정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항제58호 및 제59호의 개정규정은 2021년 4월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.

○ 수산자원관리법 제55조의2【한국수산자원공단】

 ① 정부는 수산자원을 보호‧육성하고 어장관리 및 기술을 연구‧개발‧보급하는 등 수산자원관리 사업을 원활히 수행하기 위하여 한국수산자원공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립‧운영한다.

 ③ 공단은 다음 각 호의 사업을 수행한다. <단서생략>

  1. 인공어초‧바다숲‧바다목장의 조성과 수산종자의 방류 등 수산자원조성사업

  2. 수산자원조성사업과 관련되는 기술개발, 대상해역 적지조사, 생태환경조사, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업

  3. 수산자원의 관리를 위한 총허용어획량 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업

  4. 수산자원관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업(제3조제5호에 따른 ｢내수면어업법｣의 내수면 수산자원조성사업을 포함한다)

  5. 그 밖에 수산자원관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업.