1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 과세관청은 ○○○공단의 ‘99년 세무조사시 ’95~‘96회계년도 이차보전 출연금은 수익사업에서 발생한 소득이므로 익금산입하여야 한다는 처분의견을 제시하며 출연금을 익금 불산입한 ○○○공단에 법인세를 부과함.
- ○○○공단은 ‘99~’06년도 세무조정시 과세관청의 처분의견을 존중하여 이차보전 출연금을 익금산입하였음.
- 2007. 7월 국세청이 ○○○공단의 질의에 대하여 이차보전 출연금은 수익사업소득에 해당하지 않는다고 회신함.
○ 질의내용
과세관청의 세무조사 처분의견에 따라 법인세를 기납부하고 법정신고기한으로부터 3년이 경과한 후 과세관청이 질의회신을 통해 처분근거 의견을 변경한 경우, 법정신고기한으로부터 3년이상 경과한 기납부 법인세에 대하여 국세기본법 제45조의2 제2항(후발적 사유)에 의거 경정청구를 할 수 있는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 국세기본법 제45조의 2 【경정등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2005. 7. 13. 개정)
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (1994. 12. 22. 신설)
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (1994. 12. 22. 신설)
② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. (2000. 12. 29. 개정)
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 (1994. 12. 22. 신설)
2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때 (1994. 12. 22. 신설)
3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때 (1994. 12. 22. 신설)
4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때 (1994. 12. 22. 신설)
5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때 (1994. 12. 22. 신설)
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 22. 신설)
④ 제1항 내지 제3항의 규정은 「소득세법」 제73조 제1항 제1호 내지 제8호에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조 제4호 내지 제8호ㆍ제11호 및 제12호에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제4호 내지 제6호ㆍ제9호 및 제10호에 해당하는 국내원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “원천징수대상자”라 한다)에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 「소득세법」 제164조ㆍ제164조의 2 및 「법인세법」 제120조의 규정에 따라 지급조서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자”로, 제1항 각호외의 부분 중 “법정신고기한 경과후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과후”로, 제1항 제1호 중 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항 제2호 중 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은 “원천징수영수증에 기재된 환급세액”으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)
1. 원천징수의무자가 「소득세법」 제137조ㆍ제138조ㆍ제143조의 4ㆍ제144조의 2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조 또는 제164조의 2의 규정에 따라 지급조서를 제출기한내에 제출한 경우 (2006. 12. 30. 개정)
2. 원천징수의무자가 「소득세법」 제146조 및 제156조의 규정에 따라 원천징수한 소득세를 납부하고 동법 제164조 또는 제164조의 2의 규정에 따라 지급조서를 제출기한내에 제출한 경우 (2006. 12. 30. 개정)
3. 원천징수의무자가 「법인세법」 제98조의 규정에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 동법 제120조의 규정에 따라 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우 (2006. 12. 30. 신설)
⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 항번개정)
○ 국세기본법 시행령 제25조의 2 【후발적 사유】
법 제45조의 2 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한후에 발생한 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다. (1994. 12. 31. 신설)
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때 (1994. 12. 31. 신설)
2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 또는 취소된 때 (1994. 12. 31. 신설)
3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때 (1994. 12. 31. 신설)
4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때 (1994. 12. 31. 신설)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)
○ 서면1팀-269, 2005.03.07
【질의】
(사실관계)
ｏ 매 사업연도 계속하여 부담하여 온 공적부담금 중 일부를 손금에 산입하지 아니하고 법인세 과세표준 및 세액을 신고함.
ｏ 상기 공적부담금이 손금산입 대상이라는 과세관청의 유권해석을 받음.
(질의)
ｏ 법정신고기한 경과후 2년이 경과된 국세의 과세표준 및 세액에 대하여 과세관청의 유권해석이 국세기본법 제45조의 2 제2항에서 규정하는 후발적 사유에 해당되어 경정청구가 가능한지 여부
【회신】
납세자의 질의에 대한 과세관청의 회신 또는 유권해석은 국세기본법 제45조의 2 제2항 및 같은법 시행령 제25조의 2 각호에서 열거하고 있는 사유(“후발적 경정청구사유”)에 해당되지 않음.
○ 서면1팀-958, 2004.07.13
【회신】
귀 질의와 관련한 “특별수선충당금의 과세표준 포함여부”에 대하여는 기 회신한(부가46015-652, 2000.9.29.)바와 같으며,
귀 질의에 있어 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초 신고한 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 것을 발견한 때 관할세무서장에게 경정 등을 청구할 수 있으나, 국세기본법 제45조의 2 제1항에 의한 경정청구기한이 경과한 경우에는 같은법 제45조의 2 제2항 및 같은법시행령 제25조의 2에서 열거하고 있는 사유가 발생한 경우에 한하여 후발적 사유에 의한 경정 등의 청구가 가능한 것임.
