1. 사실관계

○A법인은 산업단지개발 및 조성 등을 목적으로 설립된 법인임

○2013년 8월 A법인과 B법인은 OO시 OO구 OO동 토지 000㎡(이하 ‘쟁점토지’) 매매계약(연부취득)을 체결하였고,

 -2014년 7월 B법인은 A법인이 쟁점토지를 사용할 수 있도록 승낙하였으며, A법인은 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률｣에 따라 2016년 1월 7일 쟁점토지의 조성을 완료하였고,

 -2016년 4월 A법인은 B법인에 쟁점토지 매매대금 지급을 완료하면서 소유권 이전등기를 하였음

○A법인은 쟁점토지의 대부분을 조성완료일로부터 2년 이내에 양도하였으나, 일부 토지는 조성 완료일로부터 2년이 경과된 시점에 양도하였음

<쟁점토지 양도 현황>

2. 질의내용

○｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률｣에 따른 개발사업 시행자가 경제자유구역개발계획에 따라 경제자유구역 안에서 조성한 토지를 2년이 경과하여 양도하는 경우

 -토지의 조성이 완료된 날부터 2년의 기간을 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의3에 따른 비사업용 토지의 기간기준 계산시 사업에 사용한 기간으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 ｢소득세법｣ 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

 1.~ 2. (생략)

 3.비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

②제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 1.논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  가.~ 나. (생략)

 2.임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

  가.~ 다. (생략)

 3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

  가.~ 나. (생략)

 4.농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

  가.~ 나. (생략)

  다.토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

③제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○법인세법 시행령 제92조의8【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

①법 제55조의2제2항제4호다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 1.운동장ㆍ경기장 등 체육시설용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  가.~ 나. (생략)

 2.주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  가.~ 다. (생략)

 3.｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

○법인세법 시행규칙 제46조【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

⑦영 제92조의8제1항제3호 본문에서 "기획재정부령이 정하는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 1.｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률｣에 따른 개발사업 시행자가 경제자유구역개발계획에 따라 경제자유구역 안에서 조성한 토지

○법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】

①법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

 1.토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

 2.~ 3. (생략)

○법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

①영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

 1.토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 ｢건축법｣ 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

 2.~ 13. (생략)

○법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】

 법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

 1.토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가.양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

  나.양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다.토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 2.토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가.토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나.양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다.토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 3.토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

  가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나.토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.