인허가조건 기부채납 시 세금계산서 발급여부 등

예규·판례

인허가조건 기부채납 시 세금계산서 발...

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질의회신

서면-2020-법령해석부가-4373

생산일자 2021.10.20.

AI 요약

요지

인허가조건으로 기부채납하는 시설물에 대하여는 부가가치세가 면제되고 해당 매입세액은 면세사업 관련 매입세액의 경우 공제되지 않는 것이나, 과세사업을 겸영하는 경우 관련 매입세액은 안분계산하는 것임

회신

○○경제자유구역의 개발사업 시행사 중 하나인 ◇◇공사(이하“공사”)가 □□택지지구 조성과 관련하여 ○○광역시 경제자유구역청(이하“경제청”)으로부터 인·허가를 받는 과정에서 시티타워 및 복합용지기반시설(이하“시티타워 등”)을 건설하여 경제청에 기부채납하기로 약정한 경우로서공사가 경제청과 위수탁협약을 체결하여 시티타워 등을 건설할 사업자를 공모·선정하고 그 선정된 사업자는 공사가 기부채납하여야 할 시티타워 등을 건설하여 경제청에게 소유권이전등기를 하고 공사로부터 해당 건설비용 상당액을 지급받는 경우공사는 위수탁협약에 따라 선정된 사업자로부터 교부받은 세금계산서를 근거로 경제청에게 세금계산서를 발급하지 않는 것이며, □□지구 개발사업을 수행하기 위해 시티타워 등을 건설하여 경제청에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 득한 경우로서 기부채납에 상응하는 대가를 받지 아니한 경우 해당 기부채납에 대하여는 같은 법 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되어 경제청에 세금계산서를 발급하지 않는 것이고, 시티타워 등을 건설한 사업자로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액은 □□지구 개발사업이 토지의 개발 및 공급 등으로 면세사업에 해당하는 경우 관련 매입세액은 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 공제하지 않는 것이나 부동산 임대업 등 과세사업을 겸영하는 경우 관련 매입세액은 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산하는 것입니다. 다만, 과세사업 관련 매입세액이 토지의 자본적 지출에 해당하는 경우에는 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다.

질의내용

질의요지

○◇◇공사가 ○○광역시 경제자유구역청과 위수탁협약을 체결하여 시티타워 등을 건설할 사업자를 공모·선정하고 그 선정된 사업자는 ◇◇공사가 기부채납하여야 할 시티타워 등을 건설하여 경제자유구역청에게 소유권이전등기를 하고 한국토지주택공사로부터 해당 건설비용 상당액을 지급받는 경우

1.◇◇공사가 ○○광역시 경제자유구역청과의 위수탁협약에 따라 선정된 사업자로부터 교부받은 세금계산서를 근거로 ○○광역시 경제자유구역청에게 세금계산서를 발급해야 하는지

2. 시티타워 등의 소유권이 ○○광역시 경제자유구역청으로 이전될 때 ◇◇공사가 사실상 기부채납한 것으로 보아 경제청에게 세금계산서를 발급해야 하는지 및 사업자로부터 수취한 세금계산서가 사업과 관련이 있는 것으로 보아 매입세액 공제 가능한지

사실관계

󰊱 □□시티타워 및 복합시설 건설 프로젝트(이하 “본건 사업”)의 최초 사업구조

○○○광역시 경제자유구역청(이하 “경제청”)은 ○○광역시 경제자유구역청 설치 조례 등에 따라 ○○경제자유구역 및 주변지역 개발 사업 및 투자 유치 등의 업무를 수행하고 있으며

-◇◇공사(이하 “공사”)는 ○○경제자유구역 내 □□지구의 개발사업 시행사 중 하나로 전체 □□지구의 약 90%의 시행을 담당하고 있음

○공사는 □□지구 택지 조성과 관련하여 경제청으로부터 인허가를 득하는 과정에서 시티타워 및 복합용지기반시설^*(이하 “시티타워 등”)을 건설하여 경제청에게 기부채납하기로 하였고

*진입도로, 상수·오수시설 등의 기반시설

- 복합시설에 대한 건설은 경제청이 별도로 선정한 사업자가 시행하기로 하였음

󰊲 본건 사업의 사업구조변경 및 위수탁협약 체결

○시티타워와 복합시설은 연접해 있는 시설로서 별도의 다른 건축물로 구분하기 어려워 공사가 통합하여 개발사업에 대하여 발주하고자 하였으나

-기획재정부에서 ‘공사는 계약목적물에 해당되지 않는 대상(복합시설)에 대하여 통합하여 발주할 수 없다’고 회신함에 따라

-공사와 경제청은 시티타워의 개발사업시행자를 공사에서 경제청으로 변경하고 공사가 경제청에게 시티타워 건설비용을 지급한다는 협약을 체결하였음(’14.11.10.)

○이에 경제청은 시티타워 및 복합시설을 건설할 사업자를 공모하여 선정된 사업자가 시티타워를 건설하면

- 그 공사 진척도에 따라 공사가 경제청에 해당 건설비용을 지급하고 경제청은 지급받은 건설비용을 사업자에게 지급하는 방식으로 사업을 진행할 예정이었으나

-’15.7.24. 경제청은 건설비용 지급절차가 복잡하여 행정의 효율성을 위하여 시티타워 건설비용을 공사가 사업자에게 직접 지급할 것을 요청하였고 공사는 이에 동의하였음

○경제청은 본건 사업을 위한 사업자 공모를 수차례 진행하였으나 해당 공모에 참여하는 기업이 없어 ’16.1.27. 공사와 위·수탁 협약(이하 “본건 위수탁협약”)을 체결하여 본건 사업의 사업자 공모 및 건설사업 관리 등의 업무를 공사에게 위탁하였음

󰊳 본건 사업을 위하여 □□시티타워 주식회사 설립

○위·수탁협약에 따라 LH는 사업자 공모에서 □□시티타워 주식회사(이하 “SPC”)를 본건 사업의 사업자로 선정^*하여 SPC와 ｢□□국제도시 시티타워 건설 프로젝트 사업협약｣(이하 “본건 건설협약”)을 체결하였으며

*당초, 사업자로 선정된 것은 □□시티타워 컨소시엄(이하 “컨소시엄”)이며 SPC는 컨소시엄에서 설립한 법인임

-경제청과 SPC는 ｢□□국제도시 시티타워 관리·운영 프로젝트 사업협약｣(이하 “본건 관리·운영협약”)을 체결하였음(’17.2.10.)

○본건 건설협약에 따르면 SPC의 경우 시티타워 등 건설비용은 공사로부터 지급받으나 복합시설 건설비용은 SPC가 부담하여 해당 사업과 관련된 건축물을 건설하며

-건축물 완공 시 SPC 명의로 해당 건축물에 대한 소유권 보존등기를 함과 동시에 경제청으로 그 소유권이전등기를 이행하여야 하고

-본건 관리·운영협약에도 시티타워 등의 사용승인 후 SPC가 소유권보존등기를 경료하고, 즉시 경제청이 소유권이전등기를 받을 수 있도록 조치하여야 함을 규정하고 있음