1. 사실관계

○질의법인은 ’18년 임직원들에게 주식매수선택권을 부여하였고, 임직원들은 ’20.11. 주식매수선택권을 행사함

-조특령§14의2에 따라 비과세특례적용명세서를 행사일이 속하는 연도의 다음연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 하나 제출하지 아니하고 기한 후 제출함

2. 질의내용

○조특법§16의2에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세특례 신청시 관련 첨부서류를 제출하지 않은 경우, 이를 기한 후 제출하는 경우 비과세 특례를 적용할 수 있는 지

3. 관련법령

○조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】

① 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2021년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 3천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

②제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제14조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 신청】

원천징수의무자는 법 제16조의2제1항을 적용하는 경우 기획재정부령으로 정하는 비과세특례적용명세서를 벤처기업 주식매수선택권 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 다만, 법 제16조의3에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례 또는 법 제16조의4에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 과세특례를 적용받기 위하여 제14조의3에 따른 특례적용대상명세서 또는 제14조의4에 따른 특례적용대상명세서를 원천징수 관할 세무서장에게 제출한 경우에는 그렇지 않다.