1. 질의내용

○ 동업기업 과세특례 적용에 따라 동업기업의 소득금액을 거주자인 유한책임사원(LP)에게 배분하는 경우 동업기업이 무한책임사원(GP)에게 지급한 관리보수를 차감하고 LP의 배분소득금액을 계산하여야 하는지 여부

2. 사실관계

○A법인은「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 ‘자본시장법’)에 따른 경영참여형 사모집합투자기구(이하 ‘PEF’)를 설립하여 PEF의 재산을 운용하는 사업을 수행하는 내국법인임

○PEF는 자본시장법에 따라 1인 이상의 무한책임사원(General Partner, 이하 ‘GP‘)과 1인 이상의 유한한책임사원(Limited Partner, 이하 ‘LP‘)의 출자로 설립되는바

 - PEF가 동업기업과세특례를 선택하는 경우 그 투자자인 GP(능동적동업자)와 LP(수동적동업자)가 PEF의 동업자로서 PEF로부터 배분받은 동업기업의 소득금액에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부하여야 함

○ A법인은 PEF의 GP이며, 동업기업 과세특례를 적용받은 PEF로부터 자본시장법에 따라 관리보수, 성과보수 등을 지급받고 있음

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제100조의15【적용범위】

① 이 절에서 규정하는 과세특례(이 절에서 "동업기업과세특례"라 한다)는 동업기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체가 제100조의17에 따라 적용신청을 한 경우 해당 동업기업 및 그 동업자에 대하여 적용한다. 다만, 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업의 동업자는 동업기업의 자격으로 동업기업과세특례를 적용받을 수 없으며, 제5호에 따른 외국단체의 경우 국내사업장을 하나의 동업기업으로 보아 해당 국내사업장과 실질적으로 관련되거나 해당 국내사업장에 귀속하는 소득으로 한정하여 동업기업과세특례를 적용한다.

1.「민법」에 따른 조합

2.「상법」에 따른 합자조합 및 익명조합(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제18항제5호 및 제6호의 투자합자조합 및 투자익명조합은 제외한다)

3.「상법」에 따른 합명회사 및 합자회사(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제18항제4호의 투자합자회사 중 같은 조 제19항제1호의 경영참여형 사모집합투자기구가 아닌 것은 제외한다)

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 단체와 유사하거나 인적 용역을 주로 제공하는 단체로서 대통령령으로 정하는 것

5.「법인세법」제2조제3호의 외국법인 또는「소득세법」제2조제3항에 따른 비거주자로 보는 법인 아닌 단체 중 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 단체와 유사한 단체로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국단체

② 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업과 그 동업자에 대해서는 각 세법의 규정에 우선하여 이 절의 규정을 적용한다.

○조세특례제한법 제100조의17【동업기업과세특례의 적용 및 포기신청】

① 동업기업과세특례를 적용받으려는 기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신청을 하여야 한다.

② 동업기업과세특례를 적용받고 있는 동업기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 동업기업과세특례의 적용을 포기할 수 있다. 다만, 동업기업과세특례를 최초로 적용받은 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지는 동업기업과세특례의 적용을 포기할 수 없다

○ 조세특례제한법 제100조의18【동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분】

① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. 다만, 동업기업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자로서 대통령령으로 정하는 동업자(이하 이 절에서 "수동적동업자"라 한다)에게는 결손금을 배분하지 아니하되, 해당 과세연도의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 그 수동적동업자에게 소득금액을 배분할 때 배분되지 않은 결손금을 그 배분대상 소득금액에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제하고 배분한다.

② 제1항에 따라 각 동업자에게 배분되는 결손금은 동업기업의 해당 과세연도의 종료일 현재 해당 동업자의 지분가액을 한도로 한다. 이 경우 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일 이후 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 배분한다.

③ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금으로 보아 계산한다. 다만, 수동적동업자(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제19항제1호에 따른 경영참여형 사모집합투자기구의 수동적동업자 중 우리나라와 조세조약이 체결된 국가에서 설립된 연금ㆍ기금 등으로서 배분받는 소득이 해당 국가에서 과세되지 아니하는 대통령령으로 정하는 수동적동업자는 제외한다)의 경우에는 배분받은 소득금액을「소득세법」제17조제1항, 제119조제2호 및「법인세법」제93조제2호에 따른 소득으로 본다.

○ 조세특례제한법 제100조의19【동업기업과 동업자 간의 거래】

① 동업자가 동업자의 자격이 아닌 제3자의 자격으로 동업기업과 거래를 하는 경우 동업기업과 동업자는 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 거래에서 발생하는 수익 또는 손비를 익금 또는 손금에 산입한다.

② 제1항을 적용하는 경우 납세지 관할 세무서장은 동업기업 또는 동업자가 소득을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면「법인세법」제52조를 준용하여 해당 소득금액을 계산할 수 있다. 이 경우 동업기업과 동업자는 같은 조 제1항에 따른 특수관계인으로 본다.

③ 제3자의 자격으로 하는 거래의 판단 기준, 산입할 수 있는 익금과 손금의 범위, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제100조의17【손익배분비율】

① 법 제100조의18을 적용할 때 손익배분비율은 동업자 간에 서면으로 약정한 해당 사업연도의 손익의 분배에 관한 단일의 비율로서 제100조의24에 따라 신고한 비율(이하 이 조에서 "약정손익분배비율"이라 한다)에 따른다. 다만, 약정손익분배비율이 없는 경우에는 출자지분의 비율에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 조세회피의 우려가 있다고 인정되어 기획재정부령으로 정한 사유가 발생하면 해당 사유가 발생한 과세연도에 대하여는 직전 과세연도의 손익배분비율에 따른다.

③ 제1항 본문을 적용할 때 어느 동업자의 출자지분과 그와 특수관계에 있는 자(「소득세법 시행령」 제98조제1항에 따른 "특수관계에 있는 자" 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 "특수관계에 있는 자"를 말한다. 이하 이 항에서 "특수관계자"라 한다)인 동업자의 출자지분의 합계가 가장 큰 경우에는 그 동업자와 특수관계자인 동업자 간에는 출자지분의 비율에 따른다.

④ 제2항 및 제3항에도 불구하고 해당 동업기업이「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제19항제1호에 따른 경영참여형 사모집합투자기구(이하 이 절에서 "경영참여형 사모집합투자기구"라 한다)인 경우로서 정관, 약관 또는 투자계약서에서 정한 비율, 순서 등에 따라 결정된 이익의 배당률 또는 손실의 배분률을 약정손익배분비율로 신고한 때에는 해당 비율에 따른다. 이 경우 같은 법 제86조제1항 및 제249조의14제11항에 따른 성과보수(이하 이 절에서 "성과보수"라 한다)는 업무집행사원에 대한 이익의 우선배당으로 본다.

○조세특례제한법 시행령 제100조의18【동업기업 소득금액 및 결손금의 계산 및 배분】

① 법 제100조의18제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 동업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 동업자를 말한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 동업자

 가. 동업기업에 성명 또는 상호를 사용하게 하지 아니할 것

 나.동업기업의 사업에서 발생한 채무에 대하여 무한책임을 부담하기로 약정하지 아니할 것

 다.「법인세법 시행령」제40조제1항 각 호에 따른 임원 또는 이에 준하는 자가 아닐 것

 2. 해당 동업기업이 경영참여형 사모집합투자기구인 경우에는 그 유한책임사원

○ 조세특례제한법시행령 제100조의20【동업기업과 동업자 간의 거래】

① 법 제100조의19제1항에서 "동업자가 동업자의 자격이 아닌 제3자의 자격으로 동업기업과 거래하는 경우"란 동업자가 동업기업으로부터 얻는 거래대가가 동업기업의 소득과 관계없이 해당 거래를 통하여 공급되는 재화 또는 용역의 가치에 따라 결정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거래를 말한다.

1. 동업자가 동업기업에 재화를 양도하거나 동업기업으로부터 재화를 양수하는 거래

2. 동업자가 동업기업에 금전, 그 밖의 자산을 대부하거나 임대하는 거래 또는 동업기업으로부터 금전, 그 밖의 자산을 차입하거나 임차하는 거래

3. 동업자가 동업기업에 용역(해당 동업기업이 영위하는 사업에 해당하는 용역은 제외한다)을 제공하는 거래 또는 동업기업으로부터 용역을 제공받는 거래

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정과 비슷한 거래로서 기획재정부령으로 정하는 거래

② 법 제100조의19제1항을 적용할 때 해당 동업기업이 경영참여형 사모집합투자기구인 경우 그 업무집행사원이「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제249조의14에 따라 해당 동업기업에 용역을 제공하는 거래는 동업자가 동업자의 자격이 아닌 제3자의 자격으로 동업기업과 거래하는 경우에 해당하는 것으로 본다. 다만, 성과보수를 지급받는 부분은 제외한다.

○ 소득세법 제17조【배당소득】

① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

5. 국내 또는 국외에서 받는 대통령령으로 정하는 집합투자기구로부터의 이익

○ 소득세법 시행령 제26조의2 【집합투자기구의 범위 등】

① 법 제17조제1항제5호에서 "대통령령으로 정하는 집합투자기구"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 집합투자기구를 말한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구(같은 법 제251조에 따른 보험회사의 특별계정은 제외하되, 금전의 신탁으로서 원본을 보전하는 것을 포함한다. 이하 "집합투자기구"라 한다)일 것

2.～3. (생략)

⑥ 집합투자기구로부터의 이익은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 각종 보수ㆍ수수료 등을 뺀 금액으로 한다

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조【그 밖의 용어의 정의】

⑲ 이 법에서 "사모집합투자기구"란 집합투자증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구로서 대통령령으로 정하는 투자자의 총수가 대통령령으로 정하는 수 이하인 것을 말하며, 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자ㆍ운용하는 투자합자회사인 사모집합투자기구(이하 "경영참여형 사모집합투자기구"라 한다)

2. 경영참여형 사모집합투자기구를 제외한 사모집합투자기구(이하 "전문투자형 사모집합투자기구"라 한다)

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제249조의14【업무집행사원 등】

① 경영참여형 사모집합투자기구는 정관으로 무한책임사원 중 1인 이상을 업무집행사원으로 정하여야 한다. 이 경우 그 업무집행사원이 회사의 업무를 집행할 권리와 의무를 가진다.

⑤ 업무집행사원은 법령과 정관에 따라 경영참여형 사모집합투자기구를 위하여 그 직무를 충실히 수행하여야 한다

⑪ 경영참여형 사모집합투자기구는 정관에서 정하는 바에 따라 경영참여형 사모집합투자기구의 집합투자재산으로 업무집행사원에게 보수(운용실적에 따른 성과보수를 포함한다)를 지급할 수 있다.