○2020.4월경 거주자 갑은 비상장법인인 주식회사 A법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사함

○A법인은, A법인발행주식의 매매거래 당사자가 아니므로 매매실례가액을 알 수 없다는 이유로, 회계법인이 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법으로 계산한 금액을 주식매수선택권 행사 당시의 시가로 보아 주식매수선택권 행사이익(= 주식매수선택권 행사 당시의 시가 – 실제 매수가액) 계산하여 근로소득을 원천징수함

2. 질의내용

○비상장법인 발행주식의 주식매수선택권 행사 시 당초 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조제1항나목 규정의 보충적 평가방법으로 ‘주식매수선택권 행사 당시의 시가’를 산정하여 그 행사이익을 계산하였다가

○추후 과세관청이 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제1항 규정의 시가를 기준으로 행사이익을 재계산한 결과 세액이 증액경정되는 경우, 당초 과소신고한 것에 가산세 감면의 정당한 사유를 인정할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○국세기본법 제48조【가산세 감면 등】

①정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 1.제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

 2.납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

 3.그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○국세기본법 시행령 제28조【가산세의 감면 등】

①법 제48조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1.제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

 2.｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

 3.｢소득세법 시행령｣ 제118조의5제1항에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다)

○소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】

①법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

 17.법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과「법인세법 시행령」제2조제5항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

○소득세법 제24조【총수입금액의 계산】

①거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

②제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

③총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 시행령 제51조【총수입금액의 계산】

⑤법 제24조제2항을 적용함에 있어서 금전외의 것에 대한 수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

 1.제조업자·생산업자 또는 판매업자로부터 그 제조·생산 또는 판매하는 물품을 인도받은 때에는 그 제조업자·생산업자 또는 판매업자의 판매가액

 2.제조업자·생산업자 또는 판매업자가 아닌 자로부터 물품을 인도 받은 때에는 시가

 3.법인으로부터 이익배당으로 받은 주식은 그 액면가액

 4.주식의 발행법인으로부터 신주인수권을 받은 때(주주로서 받은 경우를 제외한다)에는 신주인수권에 의하여 납입한 날의 신주가액에서 당해신주의 발행가액을 공제한 금액

 5.제1호 내지 제4호외의 경우에는 기획재정부령이 정하는 시가

○소득세법 시행규칙 제22조의2【시가의 계산】

영 제51조제5항제5호에서 "기획재정부령이 정하는 시가"라 함은 ｢법인세법 시행령｣ 제89조를 준용하여 계산한 금액으로 한다.

○법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

①법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는「상속세 및 증여세법」제63조제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

 1.｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

 2.대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

②법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

 1.｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

 2.｢상속세 및 증여세법｣ 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 ｢상속세 및 증여세법｣제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

○상속세 및 증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

 1. 주식등의 평가

  나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

○상속세 및 증여세법 시행령 제54조【비상장주식등의 평가】

①법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

○상법 제340조의2【주식매수선택권】

①회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 "주식매수선택권의 행사가액"이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.