○ 신청법인은 프로젝트금융투자회사(이하 “PFV”)를 설립하여, PFV가 PP도 YY군 소재 토지(이하 “본건 사업부지”)를 매입하고 휴양콘도미니엄 및 그 부대시설을 신축‧분양하는 사업(등기 분양이며, 이하 “본건 사업)을 진행할 예정임

○ 이와 관련하여 신청법인은 ’21.0.00. 본건 사업부지의 소유자이자 휴양콘도미니엄 개발 사업을 진행하고 있는 ㈜AA(이하 “매도인”)과 양해각서를 체결하였고

 - ’21.0월 중 PFV가 설립되면 매도인과 PFV간 매매계약을 체결(토지 000억원, 사업권 000억원)할 예정임

 * 사업의 포괄 양도에 해당하지 아니함을 전제로 질의함

○ 매도인은 ’18년부터 본건 사업을 위한 각종 인허가 업무 및 설계등의 업무를 진행하고 있으며

 - 계약상 신청법인의 계약금 지급의무는 본건 사업을 위한 지구단위계획(또는 도시‧군관리계획)이 수립‧고시되어 있을 것을 조건으로, 잔금은 건축인허가 완료일로부터 10일 이내 지급을 명시하고 있고

 - 매도인과 제3자간 체결된 용역계약(설계, 인허가, 홍보 등)이 신청법인에 이전됨

2. 질의내용

○ 사업자가 콘도미니엄을 신축‧분양하기 위해 사업부지와 별도로 사업권을 매입하는 경우 매입세액 공제 여부 및 공제방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

 ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조【재화공급의 특례】

 ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

  2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  14. 토지

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제63조【과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용된 재화의 공급가액 계산】

 ③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화의 공급가액 전부를 과세표준으로 한다.

  3. 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간에 신규로 사업을 시작하여 직전 과세기간이 없는 경우

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.<각호생략>

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

 법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

  3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. <단서생략>

 ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

  1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율