국가로부터 출연금을 받아 운영되는 연구원의 고유목적사업이 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는 경우 관련한 매입세액은 공제대상 매입세액에 해당하지 않는 것이나 연구원이 수익사업 겸영시 실질귀속 불명 공통매입세액은 비과세사업인 출연금과 수익사업의 공급가액비율로 안분계산(1차)하고, 수익사업 공통매입세액은 수익사업의 과세,면세공급가액비율로 다시 안분계산(2차)하는 것임

【질의】 ○ 정부출연연구기관이 법령에 근거하여 지급받는 출연금을 면세용역의 공급과 대가관계가 있는 것으로 보아 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액에 포함하여야 하는지 여부【회신】국가로부터 출연금을 받아 운영되는 연구원의 고유목적사업이 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는 경우에는 이와 관련한 매입세액은 공제대상 매입세액에 해당하지 않는 것입니다. 다만, 연구원이 수익사업을 겸영하는 경우에 매입세액의 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법시행령 제61조에 따라 비과세사업인 출연금과 수익사업의 공급가액으로 안분계산(1차 안분)하여 비과세사업에 해당하는 매입세액은 불공제하고, 수익사업에 해당하는 공통매입세액은 수익사업의 과세, 면세 공급가액으로 다시 안분계산(2차 안분)하여 과세사업에 해당하는 매입세액만 공제받을 수 있는 것입니다.