1. 사실관계

○ (주)□□(이하“참여기관”이라함)은 광학소재를 제조․판매를 주업으로 하는 과세사업자로서 참여기관의 기술력 및 노하우를 이용하여 전담기관과 협약하여 “산연기술개발사업 협약서” 및 “광역경제권 선도사업 육성사업(기술개발)협약서”를 체결함

○ 산연기술개발사업 협약서

 - 주관기관(0000기술연구원)과 참여기관은 총사업비 640백만원 중 정부출연금 480백만원을 지급받아 사업협약에 따른 기술개발사업비를 연구과제 수행에 지출함

 - 연구과제에 따른 재화와 용역에 대해서는 참여기관이 매입세금계산서를 수취함

○ 광역경제권 선도사업 육성사업(기술개발) 협약서

 - 주관기관인((주)**)과 참여기관은 총사업비 1,439백만원 중 정부출연금 1,070백만원을 지급받아 사업협약에 따른 약정된 기술개발사업비를 연구과제에 지출하고,

 - 소요되는 재화와 용역에 대해서 참여기관이 매입세금계산서를 수취함

○ 연구결과물 귀속에 관한 협약내용

 - 기술개발사업의 수행결과로 발생하는 지식재산권 등의 결과물은 원칙적으로 주관기관의 소유이나 별도의 협의에 따라 공동소유하거나 참여기업이 소유할 수 있음

2. 질의내용

○ 참여기관과 주관기관은「중소기업기술혁신촉진법」및「산업기술혁신촉진법」에 따른 정부 출연금을 지급받아 기술개발 연구과제를 공동수행하여 생산한 결과물(지적재산권 등)을 협의에 따라 공동소유 하기로 함

 ① 참여기관이 지급받는 정부출연금이「부가가치세법 시행령」제81조의 비과세사업의 수입금액에 해당하는지 여부

 ② 참여기관이 연구과제를 수행하면서 정부출연금으로 취득한 재화와 용역에 대한 매입세액공제 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

 1. 역무를 제공하는 것

 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령이 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】

 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(겸영)하는 경우로서 실지귀속(실지귀속)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다