1. 사실관계

○ 양도사업자는 토지와 그 지상건물(이하 “쟁점건물”)을 양수법인에게 ooo억원(건물분 매매가액 “0원”)에 매각

- 양수법인은 양도사업자로부터 쟁점건물의 등기를 이전받은 후 쟁점건물을 철거(하고 새로이 건축물을 신축하여 분양

○ 양도사업자는 쟁점건물에 대한 공급가액은 없는 것으로 하여 부가가치세 신고

- 관할 세무서에서는 양도사업자에 대한 조사를 실시하여 쟁점건물과 그 부수토지의 일괄양도에 대하여 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명하다고 보아 그 매매가액을 기준시가로 안분하여 건물 공급분 부가가치세 과세표준을 ooo억원으로 산정하여 경정

2. 신청내용

○ 토지와 그 지상건물을 일괄양도하면서 당사자 간 건물가액을 0원으로 약정한 경우 과세표준 산정방식

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제13조(과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

 1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

 2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

 3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우 : 자기가 공급한 재화의 시가

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 과세표준의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조의2(과세표준의 안분계산)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

 1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

 2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.