1. 질의내용

○ 부동산임대업을 영위하던 자가 토지와 그 지상건물을 일괄 양도하면서 당사자 간 건물가액을 0원으로 약정한 경우

- 부가가치세 과세표준의 적정여부

2. 사실관계

○ 신청인은 1987.3.17. 취득한 토지위에 건물을 신축하여 1987.10.5. 사용승인 받은 건물 530.96㎡(1～2층 공장, 3층 사무실)(이하 “쟁점건물”이라 한다)을

- 공동양수인에게 4,180백만원(건물분 매매가액 “0원”)에 양도함

○ 공동양수인 중 부동산 공급 및 매매업을 주업으로 하는 법인이 쟁점건물을 철거하고 새로운 건물을 신축하여 분양공급을 할 예정이며

- 다른 법인은 새로운 공장건물을 신축하여 직접 사용할 예정임

○ 쟁점건물의 철거책임은 공동양수인이 서로 협의하여 부동산 분양 공급업을 주업으로 하는 자가 철거하기로 하였고, 철거업자와 계약을 체결하여 철거 중임

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

 1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

 2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

 3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우 : 자기가 공급한 재화의 시가

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 과세표준의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. <개정 2000.12.29, 2006.2.9>

 1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (2006. 2. 9. 개정)

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.