1. 사실관계

○(주)○○(이하 “신청인”이라 함)는 19××.×.24. 지방자치단체 등 공공기관과 민간기업이 공동으로 출자하여 설립된 영리법인으로 부동산임대사업과 전시서비스업 등 과세사업을 영위함

○지방자치단체 등은 청구법인의 전시활동이 산업을 활성화하고, 지역경제의 발전에 이바지 함에 따라 사업운영지원을 위한 보조금(이하 “쟁점보조금”이라 함)을 지급하고 있음

 - 임대업 및 전시서비스업에서 발생하는 매출은 신고하였으나, 쟁점보조금은 과세표준에 포함시키지 아니함

○ 쟁점보조금 규모는 20××년～20××년의 경우 ×～××억원 정도이며, 같은 기간 신고한 과세매출은××억원～××억원으로 보조금 비율은 평균 28% 정도임

2. 신청내용

○ 보조금을 재원으로 재화 또는 용역을 매입하는 경우 관련 매입세액이「부가가치세법」제17조제2항제6호의 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업과 관련된 매입세액인지 여부

○ 과세사업을 영위하면서 사업운영지원을 위한 보조금을 지급받는 경우「부가가치세법 시행령」제61조제1항의 비과세사업에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

 1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

 4. 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (2010. 1. 1. 개정)

 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 (2010. 1. 1. 개정)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31, 2013.1.1>

 6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. <개정 1978.12.30, 1980.12.31, 1992.12.31, 2013.2.15>