1. 사실관계

○“(주)☆☆☆”(이하 “질의법인”이라 함)은 회사소유 차량을 매각한 후 처분손실을 매각한 사업연도에 바로 손금산입하지 아니하고 손실 이연목적으로 아래와 같이 손금에 산입함

(천원)

○과세관청은 2014.8.18.～2014.9.16. 질의법인의 2012사업연도에 대한 법인사업자 통합조사를 하였고, 2009～2012사업연도 유형자산처분손실 중 귀속시기를 잘못하여 손금에 산입한 금액을 손금불산입함

2. 질의내용

○과세관청의 경정으로 인하여 손금산입의 귀속시기가 변경되는 것이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

①(생략)

②과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

 1.최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

 2.소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

 3.조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

 4.결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 5.제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③～⑤ (생략)

○ 국세기본법 시행령 제25조의2【후발적 사유】

법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1.최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

 2.최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

 3.최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

 4.그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

○ 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】

①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

②제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 징세과-690, 2011.7.12.

  과세관청의 결정이나 경정으로 인하여 대손금의 귀속시기가 달라지는 것은「국세기본법」제45조의 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당되지 아니하는 것입니다.

○ 징세과-415, 2009.1.20.

  사업자가 자기의 사업과 관련하여 교부받은 세금계산서를 부가가치세 신고시 신고 누락하였으나「국세기본법」제45조의 2 제1항에서 규정하는 기간동안 경정청구를 제기하지 않아 당초 신고 누락한 세금계산서의 매입세액을 공제받지 못한 경우, 당해 교부받은 세금계산서 관련 공급가액이 판결에 의하여 감액된 사유만으로는 당해 사업자는「국세기본법」제45조의 2 제2항 제1호에 의한 경정을 청구하여 당초 신고 누락된 세금계산서에 대한 매입세액 공제를 받을 수 없는 것입니다.

○ 대법원2011두16971, 2013.7.11.

  후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우에 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 등 참조). 법인이 특정 사업연도에 고의로 수익을 과다계상하거나 손비를 과소계상하는 방법으로 사실과 다른 분식결산을 하고 법인세를 과다신고하였다가, 위와 같은 분식결산의 효과를 상쇄시키기 위하여 그 차기 사업연도 이후부터 수익을 과소계상하거나 손비를 과다계상하는 방법으로 분식결산을 하고 법인세를 과소신고한 경우에 과세관청이 그 차기 사업연도 이후 과소계상한 수익을 익금산입하거나 과다계상한 손비를 손금불산입하고 법인세를 증액경정함으로써 그 특정 사업연도에서 이루어진 분식결산의 효과를 상쇄시키지 못하게 되었다 하더라도, 그러한 사정만으로 과세관청의 조치로 인하여 그 특정 사업연도에 신고한 과세표준 및 세액의 산정기초에 후발적인 변동이 생겨 그 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하게 된 때에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 의하여 적법한 경정청구기간 내에 감액경정청구를 할 수 있음은 별론으로 하고, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호에 의하여 후발적 경정청구를 할 수는 없다.

○ 서울고등법원2004누9472, 2005.6.2.

  법 제45조의2 제2항 제1호는, 납세의무자의 최초의 과세표준신고에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있는 바, 이는 과세표준의 경정사유가 납세의무자 자신의 임의적 의사와는 관계없이 판결 등 외부의 우연한 사정에 의하여 발생할 경우 과세표준을 경정함으로써 납세의무자를 보호하기 위하여 둔 특별규정이라 할 것이고, 위 제45조의2 제2항 자체에 경정청구를 과세제척기간 내로 제한한다는 명문의 규정이 없으며, 납세의무자를 보호하기 위하여 둔 위에서 본 법 제26조의2 제2항 소정의 과세제척기간의 예외규정의 취지 등에 비추어 보면, 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 사유가 있는 경우 납세의무자는 과세제척기간의 제한을 받지 아니하고 과세제척기간 이후에도 위 규정에 따른 경정신청을 할 수 있고 피고로서는 그 감액경정청구에 따른 적정성 여부를 판단하여 감액경정을 할 것인지 여부를 결정하여야 할 것이다.