1. 질의내용

○ 내국법인이 특수관계 없는 자에게 정상가액 보다 낮은 가액으로 보유 주식을 양도한 경우, 그 차액을 의제기부금으로 볼 수 있는지 여부

2. 사실관계

○2011년 12월, **시 일원에서 시행되는 “**지식산업지구 개발사업”과 관련하여 민간출자자(이하 ‘갑법인’)와 공공출자자(이하 ‘을법인’)가 각각 출자하여 **지식산업개발 주식회사(이하 ‘병법인’)를 설립하였는바

 - 갑법인과 을법인 간에 작성된 협약서에 따르면 갑법인의 지분율은 80%, 을법인의 지분율은 20%로 하고, 각 출자자가 해당 지위별로 추가 또는 교체되더라고 최종지분율을 유지하여야 하므로

 - 갑법인 이외의 건설회사 또는 금융기관 등 민간출자자의 지위에 있는 자가 추가로 병법인의 출자자로 참여하는 경우, 갑법인이 신규 민간출자자에게 자신의 지분을 양도하는 방식으로 진행하여야 함

○상기 협약서 내용에 따라 A법인은 2014년 12월에 “**지식산업지구 개발사업”의 지분참여 시공사로 참여하기 위하여

 - 갑법인 주식의 일부 60,000주(1주당 5,000원^*)를 총 3억원에 양수하는 계약을 체결한 후 갑법인과 A법인 간에 별도의 합의서를 작성하였는바

   * 1주당 매매가격 5,000원은 거래당시 법인세법상 시가에 해당함

 - 합의서에 따르면 갑법인은 A법인에 대한 서면통지로서 A법인이 가지고 있는 주식의 전부 또는 일부를 갑법인 또는 갑법인이 지정하는 제3자에게 매도할 것을 청구할 수 있고

 - 이 경우 갑법인이 매도통지를 한 날에 갑법인과 A법인 간에 해당주식에 대한 매매계약이 체결된 것으로 보며, 1주당 매도가액은 5,000원으로 함

○ A법인은 2015년 3월부터 2020년 6월까지 시공사로서 개발사업에 참여하였으나, 2021년 6월부터 진행된 “**지식산업지구 2차 개발사업”에는 참여하지 않기로 결정함에 따라

 - A법인은 갑법인으로부터 갑법인이 지정한 B법인에게 보유주식을 전량 매도할 것을 청구받았는바

 - A법인과 B법인 간에는 법인세법상 특수관계가 성립하지 않으며 2021년 6월 현재 해당 주식의 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 의한 주당 평가금액은 1주당 24,000원임

3. 관련법령

○ 법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

①이 조에서 "기부금"이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제35조【기부금의 범위】

 법 제24조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거래"란 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 특수관계인 외의 자로부터 정상가액보다 높은 가액으로 매입하는 것을 말한다. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 더하거나 뺀 범위의 가액으로 한다

○ 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제63조제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

  1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

  2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. (이하 생략)