1. 사실관계

○질의법인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인으로, 생산, 가공, 유통 단계에서 정보통신기술(ICT)을 활용한 스마트팜^* 영농재배를 추진 중임

* 사물인터넷, 빅데이터 등을 활용해 최적의 생육환경을 자동으로 제어하는 농장

○ 질의법인은 스마트팜 시설을 통한 작물재배(방울토마토 등) 및 시설 관리를 기술 및 경험이 풍부한 전문관리업체에 위탁할 예정임

2. 질의내용

농업회사법인이 작물을 전문관리업체에 위탁하여 얻은 소득에서 발생한 배당소득이 조특법§68④에 따라 분리과세되는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2021년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

(중략)

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2021년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

⑥ 제2항 본문 및 단서에 따른 양도소득세의 감면에 관하여는 제66조제5항, 제6항 및 제8항을 준용한다.

○조세특례제한법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

 1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

 2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제19조제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

 3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

③ 법 제68조제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 제2항 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다) 및 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득을 말한다.

④ 법 제68조제4항 후단에 따른 배당소득은 각 배당시마다 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 각 소득금액은 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도에 해당하는 분으로 하며, 각 소득금액이 음수인 경우 영으로 본다.

 1. 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득:

 2. 부대사업등 소득 및 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득에서 발생한 배당소득:

⑥ 법 제68조제4항에 따라 배당소득에 대한 소득세를 면제받으려는 자는 해당 배당소득을 지급받는 때에 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서를 농업회사법인에 제출하여야 한다. 이 경우 농업회사법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서와 해당 농업회사법인의 농어업경영체 등록확인서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.