민자도로 무료 통행에 따른 손실금액을 공공보조금으로 보상받는 경우 공급가액 포함 여부

예규·판례

민자도로 무료 통행에 따른 손실금액을...

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질의회신

서면-2020-부가-1679

생산일자 2020.05.08.

AI 요약

요지

민간투자사업의 시행자가 지방자치단체의 요청으로 설날 및 추석 연휴 등에 도로를 이용하는 차량에 무료 통행을 실시하고 무료 통행에 따른 손실금액을 지방자치단체로부터 공공보조금으로 보상받는 경우 해당 공공보조금은 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하므로 공급가액에서 제외되는 것임

회신

｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따른 민간투자사업의 시행자(이하 “사업시행자”)가 민자도로를 준공하여 지방자치단체에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 운영함에 있어 지방자치단체의 요청으로 ｢유료도로법｣ 제15조에 따라 설날 및 추석 연휴에 도로를 이용하는 차량에 대하여 무료 통행을 실시하고 무료 통행에 따른 손실금액을 지방자치단체로부터 보상받는 경우 해당 보상금은 ｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금으로서 사업시행자의 공급가액에 포함하지 아니하는 것으로 기존 해석사례를 보내 드리니 참조하시기 바랍니다.○ 기준-2019-법령해석부가-0416, 2019.07.04 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따른 고속도로 민간투자사업의 시행자(이하 “사업시행자”)가 고속도로를 준공하여 국가에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 운영함에 있어 국가 및 지방자치단체(이하 “국가등”)와 체결한 고속도로 통행료 감면협약에 따라 경차, 택시(빈차), 지역주민 차량 등 감면대상 차량에 대하여 통행료를 감면하고 감면에 따른 손실금액을 국가등으로부터 보상받는 경우 해당 보상금은 「부가가치세법」 제29조제5항제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금으로서 사업시행자의 공급가액에 포함하지 아니하는 것임○ 재부가-104, 2016.2.25. ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제2조제7호에 따른 사업시행자가 고속도로를 준공하여 국가에 기부채납하고 시설관리운영권을 인정받아 사용‧수익하면서 같은 법 같은 조 제6호에 따른 실시협약에 따라 소비자물가지수변동분을 감안하여 매년 통행료를 조정하여야 하나, 국가의 물가정책 등에 따라 적기에 통행료를 조정하지 못하여 발생하는 손실을 같은 법 제53조에 따라 국가가 그 사업시행자에게 보상하는 경우 그 보상금은 ｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따른 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당하는 것임○ 부가46015-1430, 1999.5.20.부가가치세는 재화나 용역의 공급에 대하여 과세하는 것이므로 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 제3자로부터 그 공급에 대한 대가가 아닌 손실보전금 등을 지급받는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임

질의내용

1. 사실관계

○ 사업시행자는 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따라 민자도로를 준공하여 지방자치단체에 기부채납하고 30년간 도로의 관리운영권을 부여받아 도로를 운영하고 있음

- ’18.1.16. ｢유료도로법｣ 제15조제3항^*의 개정으로 설날·추석 연휴 등에는 통행료를 감면할 수 있도록 규정하고 있어,

* 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행

- 지방자치단체의 요청에 따라 사업시행자는 무료 통행을 실시하고 그로 인해 발생한 손실을 지방자치단체로부터 전액 보상받고 있음

2. 질의내용

○ 민자도로 민간투자사업 시행자가 ｢유료도로법｣ 제15조제3항에 따라 설날·추석 연휴 등에 무료 통행을 실시하고

- 무료 통행에 따른 손실금액을 지방자치단체로부터 공공보조금으로 보상받는 경우 해당 공공보조금이 공급가액에 포함되는지 여부

○ 부가가치세가 과세된다면, 보상받는 지방자치단체에 세금계산서를 발급하여야 하는지

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우:그 대가.

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제26조【사회기반시설의 관리운영권】

① 주무관청은 제4조제1호 또는 제2호에 따른 방식으로 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 제22조에 따라 준공확인을 받은 경우에는 제25조제1항에 따라 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간 동안 해당 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권(이하 "관리운영권"이라 한다)을 그 사업시행자에게 설정할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제53조【재정지원】

국가 또는 지방자치단체는 귀속시설사업을 원활하게 시행하기 위하여 필요하면 대통령령으로 정하는 경우에 한정하여 사업시행자에게 보조금을 지급하거나 장기대부를 할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령 제37조【재정지원】

① 국가나 지방자치단체는 법 제53조에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 심의위원회의 심의를 거쳐 시설의 건설 또는 운영기간 중 예산의 범위에서 사업시행자에게 보조금을 지급하거나 장기대부를 할 수 있다. 다만, 지방자치단체의 예산으로 보조금을 지급하거나 장기대부를 하는 경우 또는 국가의 보조금이 300억원 미만인 지방자치단체의 사업인 경우에는 심의위원회의 심의를 거치지 아니한다.

2. 사용료를 적정 수준으로 유지하기 위하여 불가피한 경우

○ 유료도로법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "유료도로"란 다음 각 목의 도로를 말한다.

나. ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제26조에 따라 통행료 또는 사용료를 받는 도로(이하 "민자도로"라 한다)

3. "도로관리청"이란 ｢도로법｣ 제23조 및 제24조에 따른 도로의 관리청을 말한다.

5. "유료도로관리청"이란 제4조에 따라 도로관리청이 유료도로를 신설 또는 개축하는 경우에는 해당 도로관리청을 말하고, 제5조에 따라 국토교통부장관이 유료도로를 신설 또는 개축하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 제6조에 따라 도로관리청이 아닌 자가 유료도로를 신설 또는 개축하는 경우에는 허가권자인 도로관리청을 말한다.

○ 유료도로법 제15조【통행료 납부의 대상 등】

③ 유료도로관리청 또는 유료도로관리권자는 설날ㆍ추석 등 대통령령으로 정하는 날에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 고속국도를 이용하는 차량의 통행료를 감면할 수 있다. <신설 2018.1.16>

○ 유료도로법 제23조의6【민자도로사업자에 대한 지원】

유료도로관리청은 정책의 변경 또는 법령의 개정 등으로 인하여 민자도로사업자가 부담하여야 하는 비용이 추가로 발생하는 경우 그 비용의 전부 또는 일부를 지원할 수 있다.

○ 유료도로법 시행령 제8조【통행료의 감면대상 차량 및 감면비율】

② 법 제15조제3항에서 "설날ㆍ추석 등 대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 날을 말한다.

1. 설날 전날, 설날, 설날 다음날(음력 12월 말일, 1월 1일 및 2일)

2. 추석 전날, 추석, 추석 다음날(음력 8월 14일부터 16일까지)

3. 그 밖에 국무회의 심의를 거쳐 지정된 날

○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “보조금”이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(｢국가재정법｣ 별표2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리‧운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인‧단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다). 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.