1. 사실관계

○A법인은 바이오의약품을 생산하는 CMO^*(Contract Manufacturing Organization) 사업을 영위하고 있음

   *신약 개발회사를 대신하여 바이오의약품을 전문적으로 생산해주는 사업

○A법인은 바이오신약 및 바이오시밀러 수요에 대응하기 위해 BB공장 건설에 착수하여 20XX년 중순 완공할 예정이고,

 -BB공장 준공 후 BB공장 내에 클린룸^*을 설치할 예정임

   *바이오의약품 생산시 이물질 혼입 방지 기능을 함

○A법인의 생산설비는 KIAT 인증을 거쳐 신성장ㆍ원천기술심의위원회^*로부터 신성장사업화시설로 인정받았으며,

   *산업통상자원부 및 기획재정부에서 공동으로 심의위원회 구성

 -A법인이 생산하는 바이오의약품은 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 별표 6의 7.가.1) 및 3)에 해당함

2. 질의내용

○(질의1)다른 기업이 연구개발한 신성장․원천기술을 사업화하는 시설에 대한 투자가 ｢조세특례제한법｣ 제24조(통합투자세액공제)에 따른 신성장사업화시설에 대한 투자에 해당하는지 여부

○(질의2)바이오의약품 생산시 이물질 혼입 방지 기능을 하는 클린룸 설비에 대한 투자금액에 대해 통합투자세액공제를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것)

①대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 공제대상 자산

  가.기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

  나.가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

 2. 공제금액

  가.기본공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 3, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우에는 100분의 3(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액으로 한다.

     (이하 생략)

○조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것)

④법 제24조제1항제2호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

 1. 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설로서 제9조제12항에 따른 신성장ㆍ원천기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하에서 "신성장사업화시설"이라 한다)

○조세특례제한법 시행규칙 제12조의2【신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설의 범위】(2022.3.18. 기획재정부령 제904호로 개정되기 전의 것)

영 제21조제4항제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 바에 따라 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설"이란 별표 6에 따른 시설을 말한다.

○조세특례제한법 시행규칙 별표6