1. 사실관계

2. 질의내용

배우자로부터 분양권의 지분을 증여로 승계받아 취득한 주택(A주택)을 보유하다가 다른 주택(B주택)을 양도하는 경우 조특법 §99의2②에 따라 소득법 §89①(3)에 따른 1세대 1주택 비과세 적용 시 소유주택으로 보지 아니하는지 여부

3. 관련 조세 법령 및 해석 사례

○ 조세특례제한법 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. <개정 2016.1.19>

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. <개정 2014.1.1>

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의2제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "신축주택등"이라 한다)을 말한다. <개정 2018.2.9>

 1. 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2013년 4월 1일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택

 2. 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인(「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과 「주택법」 제54조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 2013년 4월 1일 이후 도래하는 주택으로 한정한다)

 3. 주택건설사업자(30호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(「주택법」에 따른 주택을 말하며, 이하 제4호부터 제8호까지의 규정에서 같다)

 4. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 "주택도시보증공사"라 한다)가 같은 법 시행령 제22조제1항제1호가목에 따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택

 5. 주택의 시공자가 해당 주택의 공사대금으로 받은 주택으로서 해당 시공자가 공급하는 주택

 6. 「법인세법 시행령」 제92조의2제2항제1호의5, 제1호의8 및 제1호의10에 따른 기업구조조정부동산투자회사등이 취득한 주택으로서 해당 기업구조조정부동산투자회사등이 공급하는 주택

 7. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자가 「법인세법 시행령」 제92조의2제2항제1호의7, 제1호의9 및 제1호의11에 따라 취득한 주택으로서 해당 신탁업자가 공급하는 주택

 8. 자기가 건설한 주택으로서 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "과세특례 취득기간"이라 한다) 중에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택. 다만, 다음 각 목의 주택은 제외한다.

  가. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업, 재건축사업 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획을 말한다)에 따라 취득하는 주택

  나. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

 9. 「주택법 시행령」 제4조제4호에 따른 오피스텔(이하 이 조에서 "오피스텔"이라 한다) 중 「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받아 「건축물의 분양에 관한 법률」 제6조에 따라 분양사업자가 공급(분양 광고에 따른 입주예정일이 지나고 2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 수의계약으로 공급하는 경우를 포함한다)하거나 「건축법」 제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받아 공급하는 오피스텔(제4호부터 제8호까지의 방법으로 공급 등을 하는 오피스텔을 포함한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 신축주택등은 제외한다. <개정 2015.12.28>

 1. 제6항제1호에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "사업주체등"이라 한다)와 양수자 간에 실제로 거래한 가액이 6억원을 초과하고 연면적(공동주택 및 오피스텔의 경우에는 전용면적을 말한다)이 85제곱미터를 초과하는 신축주택등. 이 경우 양수자가 부담하는 취득세 및 그 밖의 부대비용은 포함하지 아니한다.

 2. 2013년 3월 31일 이전에 사업주체등과 체결한 매매계약이 과세특례 취득기간 중에 해제된 신축주택등

 3. 제2호에 따른 매매계약을 해제한 매매계약자가 과세특례 취득기간 중에 계약을 체결하여 취득한 신축주택등 및 해당 매매계약자의 배우자[매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 포함한다]가 과세특례 취득기간 중에 원래 매매계약을 체결하였던 사업주체등과 계약을 체결하여 취득한 신축주택등

 4. 제1항제9호에 따른 오피스텔을 취득한 자가 다음 각 목의 모두에 해당하지 아니하게 된 경우의 해당 오피스텔

  가. 취득일부터 60일이 지난 날부터 양도일까지 해당 오피스텔의 주소지에 취득자 또는 임차인의 「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 경우. 이 경우 기존 임차인의 퇴거일부터 취득자 또는 다음 임차인의 주민등록을 이전하는 날까지의 기간으로서 6개월 이내의 기간은 기존 임차인의 주민등록이 되어 있는 것으로 본다.

  나. 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자(취득 후 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다)가 취득한 경우로서 취득일부터 60일 이내에 임대용 주택으로 등록한 경우

○ 서면법규과-1388, 2013.12.22.

귀 서면질의의 경우,「조세특례제한법」제99조의2제1항이 적용되는 감면대상 신축주택, 미분양주택을 분양받은 거주자 또는 비거주자가 분양권 상태에서 본인 소유 지분 중 1/2을 배우자에게 증여하여 공동지분으로 감면대상 주택을 취득한 경우 해당 배우자 지분 1/2에 해당하는 감면대상 주택의 양도소득에 대해서는 과세특례가 적용되지 아니하는 것이며, 나머지 본인 소유 지분 1/2에 해당하는 감면대상 주택의 양도소득에 대해서만 과세특례가 적용되는 것입니다. (이하 생략)

○ 서면-2015-법령해석재산-22474, 2015.5.15.

귀 서면질의의 경우, 「조세특례제한법」제99조의2 또는 같은 법 제98조의7을 적용함에 있어 같은 조의 과세특례기간에 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하여 계약금을 지급하고 시장·군수·구청장으로부터 당초 신축주택 등임을 확인하는 날인을 받은 후 최초 매매계약을 폐기하지 않고 별도 “할인분양부가계약서”를 작성하여 매매가액이 변경되는 경우 같은 법 제99조의2 또는 제98조의7에 따른 과세특례 요건을 모두 충족하는 경우에는 과세특례를 적용 받을 수 있는 것이며,

당초 신축주택 등임을 확인하는 날인을 받은 분양권을 취득한 제3자는 같은 법 제99조의2 또는 제98조의7에 따른 과세특례를 적용 받을 수 없는 것입니다.

○ 기획재정부 조세법령운용과-1103, 2021.12.23.

[질의] 「조세특례제한법」 제98조의3에 따른 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 요건을 갖춘 분양권을 상속받은 후 완공된 주택을 상속인이 양도 시 과세특례 적용 여부

제1안 : 과세특례가 적용됨

제2안 : 과세특례가 적용되지 않음

[회신] 제1안이 타당합니다.

○ 서면-2019-부동산-4605, 2020.4.29.(같은 뜻 : 서면-2016-부동산-4144, 2016.8.30.; 서면-2015-부동산-22360, 2015.3.26.)

「소득세법」제89조제1항제3호를 적용하는 경우 「조세특례제한법」제99조의2제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.