1. 사실관계

○A법인은 집단에너지공급시설에 대한 두 차례의 순차적인 투자를 2개 이상의 과세연도에 걸쳐 다음과 같이 진행하였음

                                                                   (단위:억원)

○A법인은 위 1차 투자에 대하여 2018과세연도에 완료기준으로 舊｢조세특례제한법｣ 제25조의2(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제)를 적용받았으며,

 -2차 투자에 대하여는 투자 완료일이 속하는 2021과세연도에 ｢조세특례제한법｣ 제24조(통합투자세액공제)를 적용할 예정임

2. 질의내용

○내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제24조(통합투자세액공제)를 적용함에 있어 2018~2021과세연도에 걸쳐 이루어진 투자에 대하여 2021과세연도에 모든 투자가 이루어 진 것으로 보아 공제금액을 산정하는 경우 추가공제금액 계산방법

3. 관련법령

○조세특례제한법 제25조【특정시설 투자 등에 대한 세액공제】(2020.12.29. 법률 제17759호로 삭제되기 전의 것)

①내국인이 제1호부터 제3호까지, 제5호 및 제6호에 해당하는 시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하거나 제4호에 해당하는 시설을 2021년 12월 31일까지 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 상당하는 세액을 투자를 완료한 날 또는 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. <개정 2019.12.31>

 1. 대통령령으로 정하는 연구시험용 시설 및 직업훈련용 시설

 2. 대통령령으로 정하는 에너지절약시설

 3.~6. (생략)

②제1항에 따라 공제할 금액은 제1항 각 호의 시설에 대한 투자금액 또는 취득금액(해당 시설에 딸린 토지의 매입대금은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 다음 표에 따른 공제율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 제1항제6호의 시설에 2020년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지(중견기업 및 중소기업의 경우에는 2020년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지) 투자하는 경우에 대한 제1항에 따라 공제할 금액은 그 투자금액에 100분의 2(중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱한 금액으로 한다.

③제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

○조세특례제한법 제25조의2【에너지절약시설 투자에 대한 세액공제】(2018.12.24. 법률 제16009호로 삭제되기 전의 것)

①내국인이 대통령령으로 정하는 에너지절약시설에 2018년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 6)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

②제1항을 적용할 때 세액공제의 방법에 관하여는 제11조제1항·제3항 및 제4항을 준용한다.

○조세특례제한법 제11조【연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제】(2018.12.24. 법률 제16009호로 삭제되기 전의 것)

①내국인이 2018년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 6)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

③제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

○조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】(2021.02.17. 대통령령 제31444호로 개정된 것)

①법 제24조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 내국인"이란 다음 각 호의 업종 외의 사업을 경영하는 내국인을 말한다.

 1.제29조제3항에 따른 소비성서비스업

 2.부동산임대 및 공급업

⑧법 제24조제1항제2호나목에 따른 3년간 연 평균 투자금액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 이 경우 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 본다.