1. 사실관계

○ ×× 사모투자 합자회사(이하 ‘질의법인’)는 동업기업 과세특례를 적용 받는 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣(이하 ‘자본시장법’)상 기관전용사모집합투자기구(이하 ‘PEF’) 임

 - 질의법인은 거주자인 유한책임사원(LP)에게 소득금액을 배분하고자 함

2. 질의내용

○ 거주자인 LP에게 PEF가 배분할 소득금액 계산시

 - PEF가 직접 납부한 비상장주식 증권거래세 등 세금, 회계법인 및 법무법인 자문수수료, 수탁은행 자금관리 수수료 등의 금액을 공제하는 지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제100조의14【용어의 뜻】

이 절에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “동업자”란 동업기업의 출자자인 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인을 말한다.

4. "동업자군(群)별 동업기업 소득금액 또는 결손금"이란 동업자를 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인의 네 개의 군(이하 "동업자군"이라 한다)으로 구분하여 각 군별로 동업기업을 각각 하나의 거주자, 비거주자, 내국법인 또는 외국법인으로 보아 ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣에 따라 계산한 해당 과세연도의 소득금액 또는 결손금을 말한다.

○ 조세특례제한법 제100조의15【적용범위】

① 이 절에서 규정하는 과세특례(이 절에서 "동업기업과세특례"라 한다)는 동업기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체가 제100조의17에 따라 적용신청을 한 경우 해당 동업기업 및 그 동업자에 대하여 적용한다. 다만, 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업의 동업자는 동업기업의 자격으로 동업기업과세특례를 적용받을 수 없으며, 제5호에 따른 외국단체의 경우 국내사업장을 하나의 동업기업으로 보아 해당 국내사업장과 실질적으로 관련되거나 해당 국내사업장에 귀속하는 소득으로 한정하여 동업기업과세특례를 적용한다.

3. ｢상법｣에 따른 합명회사 및 합자회사(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조제18항제4호의 투자합자회사 중 같은 조 제19항제1호의 기관전용 사모집합투자기구가 아닌 것은 제외한다)

○ 조세특례제한법 제100조의18【동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분】

① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. 다만, 동업기업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자로서 대통령령으로 정하는 동업자(이하 이 절에서 "수동적동업자"라 한다)에게는 결손금을 배분하지 아니하되, 해당 과세연도의 종료일부터 15년 이내에 끝나는 각 과세연도에 그 수동적동업자에게 소득금액을 배분할 때 배분되지 아니한 결손금을 그 배분대상 소득금액에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제하고 배분한다.

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조【그 밖의 용어의 정의】

⑲ 이 법에서 "사모집합투자기구"란 집합투자증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구로서 대통령령으로 정하는 투자자의 총수가 대통령령으로 정하는 방법에 따라 산출한 100인 이하인 것을 말하며, 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 제249조의11제6항에 해당하는 자만을 사원으로 하는 투자합자회사인 사모집합투자기구(이하 "기관전용 사모집합투자기구"라 한다)

2. 기관전용 사모집합투자기구를 제외한 사모집합투자기구(이하 "일반 사모집합투자기구"라 한다)

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제249조의11【사원 및 출자】

⑥ 유한책임사원은 개인(제168조제1항에 따른 외국인, 해당 기관전용 사모집합투자기구의 업무집행사원의 임원 또는 운용인력을 제외한다)이 아닌 자로서 다음 각 호에 해당하는 자여야 한다.

1. 전문투자자로서 대통령령으로 정하는 투자자

2. 그 밖에 전문성 또는 위험감수능력 등을 갖춘 자로서 대통령령으로 정하는 투자자

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제249조의14【업무집행사원 등】

⑪ 기관전용 사모집합투자기구는 정관에서 정하는 바에 따라 기관전용 사모집합투자기구의 집합투자재산으로 업무집행사원에게 보수(운용실적에 따른 성과보수를 포함한다)를 지급할 수 있다

○ 소득세법 제27조 【사업소득의 필요경비의 계산】

① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

○ 소득세법 제33조 【필요경비 불산입】

① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.

1. 소득세(제57조에 따라 세액공제를 적용하는 경우의 외국소득세액을 포함한다)와 개인지방소득세

3. ｢국세징수법｣이나 그 밖에 조세에 관한 법률에 따른 가산금과 강제징수비

4. 조세에 관한 법률에 따른 징수의무의 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세액을 포함한다)

8. 반출하였으나 판매하지 아니한 제품에 대한 개별소비세 또는 주세의 미납액. 다만, 제품가액에 그 세액 상당액을 더한 경우는 제외한다.

9. 부가가치세의 매입세액. 다만, 부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액과 부가가치세 간이과세자가 납부한 부가가치세액은 제외한다.

12. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금이나 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금

13. 각 과세기간에 지출한 경비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액

○ 소득세법 시행령 제55 조 【사업소득의 필요경비의 계산 】

① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

8. 사업과 관련이 있는 제세공과금(법 제57조제1항에 따른 세액공제를 적용하지 않는 경우의 외국소득세액을 포함한다)

28. 제1호부터 제27호까지의 경비와 유사한 성질의 것으로서 해당 총수입금액에 대응하는 경비