1. 사실관계

○ ’94.2월 A주택(다가구주택(9가구)) 취득

○ ’94.7월 A주택 임대등록(소득령§167의3①(2)가목에 따른 임대등록)

○ ’22.11월 A주택 양도 매매계약^＊ 체결

   * 특약사항 : 매수인의 요청으로 주택→상가 용도변경 매매특약 전체

○ ’22.12월 A주택 용도변경(다가구주택→상가)

   * A주택은 용도변경 전 조특법 §97에 따른 특례 요건 충족함을 전제

○ ’23년 이후 잔금청산 예정

2. 질의내용

○ 조특법§97에 따른 장기임대주택(매입임대주택)을 등록한 1세대가 임대주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결한 경우로서,

 - 잔금청산 전에 상가로 용도 변경하기로 매매특약한 경우, 조특법§97에 따른 감면을 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련 사례

□ 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다. <개정 2015.8.28>

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다.

⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

 1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

 2. 삭제 <2001.12.31>

 3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

 3의2. 삭제 <2001.12.31>

 4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

 5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

□ 소득세법(2021.03.16. 법률 제17925호로 개정된 것, 이하 같음) 제88조 【정의】

이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.