질의요지

○공사가 ｢새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법｣에 따라 ‘새만금 스마트 수변도시·조성사업을 시행하는 과정에서 공유수면매립공사 이후 실시하는 토지 조성공사에 관련된 매입세액 공제 여부

사실관계

○ 신청법인(또는 “공사”)는 ｢새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법｣(이하 “새만금사업법”)에 따라 설립된 공공기관으로 국가(농림축산식품부)로부터 공유수면 매립면허권을 현물출자 받아

 - 토지 및 도시의 개발에 관한 사업과 신·재생에너지 설비의 설치 및 운영·관리 등 수익사업을 영위하고 있는 부가가치세 과세사업자임

○ 공사는 선도사업으로 ‘새만금 스마트 수변도시·조성사업’(이하 “본건사업”)을 새만금사업법에 따라 새만금개발청의 통합개발계획 승인(새만금개발청고시 제2020-19호)을 받아 시행하고 있으며

 - 공유수면 매립 후 그 상부에 도로·전기등 주요 기반시설을 설치하고 조성토지를 분양할 계획임

○ 공사는 새만금사업법에 따른 공공시행자로서 자기의 재원으로 토지를 조성하여 총사업비에 상당하는 매립지뿐 아니라 조성한 토지 전부를 원시취득할 예정이며

 - 매립·조성공사의 경우 단계별 시행계획이 아닌 일괄 시행으로, 매립공사 완료 후 토지로의 등기가 수반되지 않고 조성공사까지 완료된 후 준공승인되어 토지로 등기가 이루어 질 예정임

○ 조성공사의 주요공종은 토공 및 연약지반공사, 관로 및 포장공사, 조경 및 전기공사 등임

<본건사업 통합개발계획 승인에 대한 주요내용>

관련 법령

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때

  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  14. 토지

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. <단서생략>

  2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

  6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액

○ 부가가치세법 시행령 제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】

 ② 법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

  4. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 따라 매립용역을 제공하는 경우: ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 따라 산정한 해당 매립공사에 든 총사업비

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

  2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

  3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. “공유수면”이란 다음 각 목의 것을 말한다.

   가. 바다: ｢해양조사와 해양정보 활용에 관한 법률｣ 제8조제1항제3호에 따른 해안선으로부터 ｢배타적 경제수역 및 대륙붕에 관한 법률｣에 따른 배타적 경제수역 외측 한계까지의 사이

   나. 바닷가: ｢해양조사와 해양정보 활용에 관한 법률｣ 제8조제1항제3호에 따른 해안선으로부터 지적공부(地籍公簿)에 등록된 지역까지의 사이

   다. 하천·호소(湖沼)·구거(溝渠), 그 밖에 공공용으로 사용되는 수면 또는 수류(水流)로서 국유인 것

  4. “공유수면매립”이란 공유수면에 흙, 모래, 돌, 그 밖의 물건을 인위적으로 채워 넣어 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  2. “새만금사업”이란 새만금사업지역을 종합적이고 체계적으로 개발·관리 및 정비하기 위하여 제11조에 따라 용도별 개발실시계획 승인을 받아 시행하는 사업을 말한다.

  9. “원형지”란 새만금개발사업의 실시계획 승인을 받아 매립한 토지로서 부지조성공사를 하지 아니한 상태의 토지를 말한다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제4조【다른 계획과의 관계】

이 법에 따른 새만금사업의 기본계획과 실시계획은 다른 법률에 따른 개발계획에 우선한다. 다만, ｢국토기본법｣ 제6조제2항제1호에 따른 국토종합계획 및 ｢군사기지 및 군사시설 보호법｣에 따른 계획에 대하여는 그러하지 아니하다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제8조【사업시행자의 지정 등】

 ① 새만금청장은 다음 각 호의 자 중에서 새만금사업의 시행자를 지정한다. 이 경우 개발사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요한 경우에는 개발사업 중 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제2조제4호에 따른 공유수면매립사업의 시행자를 따로 지정할 수 있다.

  1. 국가 및 지방자치단체

  2. ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관

  3. ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업

  4. 자본금 등 대통령령으로 정하는 자격요건을 갖춘 민간투자자

  5. 새만금사업을 시행할 목적으로 설립한 법인으로서 제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자 하나 이상이 출자한 비율의 합이 100분의 50을 넘는 법인

 ② 새만금청장은 제1항제1호부터 제3호까지의 자(이하 이 조 및 제14조에서 “공공시행자”라 한다)가 새만금지역의 효율적 개발을 위하여 협약을 체결한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동 사업시행자로 지정할 수 있다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제9조【용도별 개발기본계획의 승인 등】

 ① 제8조제1항에 따라 지정된 사업시행자는 기본계획 및 광역기반시설설치계획에 따라 다음 각 호의 사항을 포함하여 용도별 개발기본계획(이하 "개발계획"이라 한다)을 작성하여 새만금청장의 승인을 받아야 한다. 개발계획을 변경하는 경우에도 또한 같다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제10조【개발계획 승인의 효과】

 ① 개발계획이 승인ㆍ변경승인된 때에는 그 개발계획의 내용에 다음 각 호의 수립ㆍ승인 또는 변경이 각각 있은 것으로 본다.

  5. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제22조 또는 제27조에 따른 공유수면매립 기본계획의 수립 또는 변경

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제11조【용도별 개발실시계획의 승인 등】

 ① 사업시행자가 새만금사업을 시행하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 용도별 개발실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여 새만금청장의 승인을 받아야 하며, 이를 변경하는 경우에도 또한 같다. 이 경우 실시계획은 토지용도별 전부 또는 일부에 대하여 매립, 대지 조성 등 단계적으로 수립할 수 있다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제11조의2【용도별 통합개발계획의 승인 등】

 ① 사업시행자는 제9조 및 제11조에도 불구하고 개발계획과 실시계획이 통합된 용도별 통합개발계획(이하 "통합계획"이라 한다)을 작성하여 새만금청장의 승인을 받을 수 있으며, 이를 변경하는 경우에도 또한 같다. 통합계획이 승인된 경우 개발계획 및 실시계획이 모두 승인된 것으로 본다.

 ② 통합계획에는 제9조제1항에 따른 개발계획에 필요한 사항과 제11조제2항에 따른 실시계획에 필요한 사항이 모두 포함되어야 한다.

 ③ 통합계획에 대하여는 제4조, 제11조, 제14조, 제17조, 제18조, 제20조, 제22조, 제25조, 제36조의4 및 제47조를 준용한다. 이 경우 "실시계획"은 "통합계획"으로 본다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제14조【｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 관한 특례】

 ① 제11조에 따라 실시계획이 승인된 경우에는 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제28조에 따라 매립면허를 받은 매립지, 매립예정지 또는 준공인가를 받은 매립지(｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제35조에 따라 협의 또는 승인을 받은 경우를 포함한다)의 매립목적은 같은 법 제48조 및 법률 제5911호 공유수면매립법개정법률 부칙 제3조에도 불구하고 관계법률등에서 정하는 용도로 매립목적이 변경된 것으로 본다.

 ② 새만금사업지역의 매립목적이 변경된 경우에는 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제35조제2항에도 불구하고 매립공사의 준공검사를 받기 전에 사업시행자에게 매립에 관한 권리를 양도할 수 있다.

 ③ 사업시행자가 제2항에 따라 매립에 관한 권리를 양도받은 때에는 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제28조에 따라 매립면허를 받은 것으로 본다.

 ④ 공공시행자가 자기의 재원으로 실시계획 승인을 받아 토지를 조성한 경우 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제46조제1항제2호부터 제4호까지를 적용하지 아니하고, 그 토지는 사업시행자에게 귀속된다.

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제45조【준공검사】

 ① 매립면허취득자는 매립공사를 완료하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매립지의 위치와 지목(｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣ 제67조에 따른 지목을 말한다)을 정하여 매립면허관청에 준공검사를 신청하여야 한다. 이 경우 매립면허취득자가 제38조제2항에 따라 공구를 구분하여 매립실시계획의 승인을 받은 경우에는 공구별로 준공검사를 신청할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 준공검사를 신청받은 매립면허관청은 대통령령으로 정하는 바에 따라 준공검사를 한 후 그 공사가 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되었다고 인정하면 해양수산부령으로 정하는 준공검사확인증을 내주고 그 사실을 고시하여야 하며, 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되지 아니한 경우에는 지체 없이 보완공사 등 필요한 조치를 명하여야 한다.

 ③ 제1항에 따라 준공검사를 신청한 자가 제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우에는 제39조제1항 각 호 및 같은 조 제2항의 인가ㆍ허가등에 따른 해당 사업의 준공검사 또는 준공인가를 받은 것으로 본다. 이 경우 매립면허관청은 그 준공검사에 관하여 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다.

 ④ 제3항에 따라 준공검사ㆍ준공인가의 의제를 받으려는 자는 제1항에 따라 준공검사를 신청할 때 해당 법률에서 정하는 관련 서류를 함께 제출하여야 한다.

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제46조【매립지의 소유권 취득 등】

 ① 매립면허취득자가 제45조제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자는 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 취득한다.

  1. 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공용으로 사용하기 위하여 필요한 매립지: 국가 또는 지방자치단체

  2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가 중 매립공사로 새로 설치된 공용시설 또는 공공시설 용지에 포함된 바닷가의 면적은 제외한다)의 매립지: 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 매립면허취득자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다.

  3. 제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지: 매립면허취득자

  4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따라 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지(이하 "잔여매립지"라 한다): 국가

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제17조【다른 법률에 따른 인·허가 등의 의제】

 ① 사업시행자가 실시계획의 승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 해당 법률에 따른 허가ㆍ인가ㆍ신고ㆍ결정ㆍ지정ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ해제 또는 심의 등(이하 "인ㆍ허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 새만금청장 또는 시ㆍ도지사가 관계법률등에서 정하는 절차에 따라 실시계획을 승인ㆍ고시한 경우에는 다음 각 호의 해당 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다.

  5. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제8조에 따른 공유수면의 점용ㆍ사용 허가, 같은 법 제10조에 따른 협의 또는 승인, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 승인(매립면허를 받은 매립예정지는 제외한다), 같은 법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허, 같은 법 제33조에 따른 면허고시, 같은 법 제35조에 따른 협의 또는 승인 및 같은 법 제38조에 따른 공유수면매립실시계획의 승인ㆍ고시

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제20조【준공검사】

 ① 사업시행자는 새만금사업의 전부 또는 일부를 완료한 경우에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 새만금청장에게 준공 보고서를 제출하고 준공검사를 받아야 한다. 이 경우 새만금청장은 대통령령으로 정하는 전문검사기관에 준공확인에 필요한 세부검사를 의뢰할 수 있다.

 ② 새만금청장은 제1항에 따른 준공검사를 한 후 그 공사가 승인된 내용대로 시행되었다고 인정하는 경우에는 준공검사증을 그 사업시행자에게 주어야 하며, 실시계획대로 완료되지 아니한 경우에는 지체 없이 보완시공 등 필요한 조치를 명하여야 한다. 이 경우 새만금청장은 제17조제1항 각 호에 따른 인ㆍ허가등에 대한 준공검사에 관하여 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 한다.

 ③ 제2항에 따른 준공검사증을 받은 경우에는 제17조제1항 각 호에 따른 인ㆍ허가등에 따른 해당 사업의 준공검사 또는 준공인가 등을 받은 것으로 본다.

 ④ 제2항에 따른 준공검사증을 교부받기 전에 새만금사업으로 조성 또는 설치된 토지 및 시설을 사용하기 위하여는 새만금청장에게 준공 전 사용의 허가를 받아야 한다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제22조【조성토지등의 공급】

 ① 사업시행자는 새만금사업으로 조성된 토지 또는 원형지(이하 "조성토지등"이라 한다)를 공급하려는 경우에는 조성토지등의 공급계획을 작성하여 새만금청장의 승인을 받아야 한다. 공급계획을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제36조의2【설립】

새만금사업의 효율적이고 신속한 추진을 위하여 새만금개발공사(이하 “공사”라 한다)를 설립한다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제36조의4【자본금 및 출자】

 ① 공사의 자본금은 3조원으로 하며, 공사의 자본은 주식으로 분할한다.

 ② 제1항에 따른 자본금은 국가, 지방자치단체, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관, ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 출자한다.

 ③ 국가는 새만금사업지역(새만금호 및 제54조에 따라 농림축산식품부장관이 직접 시행하는 지역은 제외한다) 내 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제28조제1항에 따른 공유수면 매립면허 권리를 실시계획 승인 전에 공사에 현물로 출자할 수 있다. 이 경우 제14조제1항 및 제2항에도 불구하고 공유수면 매립면허 권리(이하 "매립면허권"이라 한다)가 양도된 것으로 보며, 매립목적은 실시계획이 승인된 때에 변경된 것으로 본다.