1. 사실관계

○납세자는 주택매매업자로 종합소득세 신고 시 양도한 주택에 대하여 누진세율 적용 자산은 양도차손, 중과세율 적용 자산 등은 양도차익이 발생하였다고 신고함

 - 당초 신고 시 누진세율 적용 자산에서 발생한 양도차손을 중과세율 적용 자산 등의 양도소득에서 공제하지 않았으나, 양도차손이 발생한 자산의 총수입금액과 필요경비를 다른 세율 적용 자산의 양도소득 비율에 따라 차감하여 경정청구함

2. 질의내용

○소득세법 제64조【부동산매매업자에 대한 세액 계산 특례】에 따라 주택등매매차익의 산출세액 합계액 계산 시 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우 다른 세율 적용 자산의 양도차익에서 공제 가능 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 소득세법 제64조【부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례】

 (2020.12.19. 법률 제17757호로 개정되기 이전의 것)

 ① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하“부동산매매업”이라 한다)을 경영하는 거주자(이하“부동산매매업자”라 한다)로서 종합소득금액에 제104조제1항제4호제8호제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서“주택등매매차익”이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

  1. 종합소득 산출세액

  2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

   가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

   나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

 ② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제122조【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】

 ① 법 제64조제1항 각 호 외의 부분에서“대통령령으로 정하는 부동산매매업”이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외한다.

 ② 법 제64조제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 자산의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다.

  1. 제163조제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산한 양도자산의 필요경비

  2. 법 제103조에 따른 양도소득 기본공제 금액

  3. 법 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액

 ③～⑤ (생략)

 ⑥ 법 제64조의 규정에 의한 세액의 계산 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 소득세법 시행규칙 제63조의2【필요경비의 안분 계산】

 ① 영 제122조제5항에 따른 안분 계산은 같은 조 제4항에 따른 주거용 건물 및 다른 목적의 건물(각각에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 공통되는 필요경비를 해당 주거용 건물 및 다른 목적의 건물 각각의 가액에 비례하여 안분 계산하는 방식에 따른다.

 ② 제1항을 적용할 때 해당 주거용 건물 및 다른 목적의 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 해당 주거용 건물 및 다른 목적의 건물의 각각의 기준시가에 따라 안분 계산한다.

○ 소득세법 제102조【양도소득금액의 구분 계산 등】

 (2020.12.19. 법률 제17757호로 개정되기 이전의 것)

 ① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산할 때 발생하는 결손금은 다른 호의 소득금액과 합산하지 아니한다.

  1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 소득

  2. 제94조제1항제3호에 따른 소득

  3. 제94조제1항제5호에 따른 소득

 ② 제1항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 고려하여 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제167조의2【양도차손의 통산】

 ① 법 제102조제2항의 규정에 의한 양도차손은 다음 각호의 자산의 양도소득금액에서 순차로 공제한다.

  1. 양도차손이 발생한 자산과 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액

  2. 양도차손이 발생한 자산과 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액. 이 경우 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액이 2 이상인 경우에는 각 세율별 양도소득금액의 합계액에서 당해 양도소득금액이 차지하는 비율로 안분하여 공제한다.

 ② 법 제90조의 감면소득금액을 계산함에 있어서 제1항의 양도소득금액에 감면소득금액이 포함되어 있는 경우에는 순양도소득금액(감면소득금액을 제외한 부분을 말한다)과 감면소득금액이 차지하는 비율로 안분하여 당해 양도차손을 공제한 것으로 보아 감면소득금액에서 당해 양도차손 해당분을 공제한 금액을 법 제90조의 규정에 의한 감면소득금액으로 본다.