1. 사실관계

2. 질의내용

1)자동말소된 임대주택(B주택)을 양도하는 경우 조특법 §97①에 따른 양도소득세 감면 특례를 적용받을 수 있는 지 여부

2)자동말소된 임대주택(C주택)을 보유하다가 주택(A주택)을 양도하는 경우 조특법 §97②에 따라 1세대 1주택 비과세 적용 시 C주택을 소유주택으로 보지 아니하는지 여부

3. 관련 조세 법령 및 해석 사례

○ 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다. <개정 2015.8.28>

 1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

 2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

○ 서면-2021-법규재산-3777, 2022.11.14.

｢조세특례제한법｣ 제97조(이하 “해당특례”)제1항에 따른 요건을 충족하는 장기임대주택(이하 “해당주택”)과 거주주택을 소유한 1세대가 해당주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대등록이 자동말소된 이후에도 계속 임대하다 양도하는 경우 해당특례를 적용할 수 있는 것이며, 이 경우 거주주택을 해당주택의 임대등록이 말소된 이후 5년 이내에 양도하지 않더라도 ｢조세특례제한법｣ 제97조제2항을 적용할 수 있는 것입니다.

○ 부동산납세과-36, 2014.1.17.

귀 서면질의의 경우「조세특례제한법」제97조의 요건을 모두 갖춘 장기임대주택 중 일부를 먼저 양도하여 감면을 받은 후 남은 잔여임대주택을 폐업하고 양도할 경우에도 장기임대주택으로 보아 감면적용을 받을 수 있는 것입니다(기존해석사례 부동산거래관리과-283, 2011.03.29., 서일46014-10906, 2003.07.11.)

○ 부동산거래관리과-283, 2011.3.29.

귀 질의의 경우 조세특례제한법상 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면요건에 해당하는 경우에는 주택임대사업자등록을 폐업한 경우에도 임대주택으로 보는 것임

○ 서일46014-10906, 2003.7.11.

귀 질의의 경우 붙임 기 질의회신문(제도46014-10614,2001.04.17 및 재일46014-1431,1997.06.11)을 참고하시기 바랍니다.

○ 재일46014-1431, 1997.6.11.

1. 귀 질의 2. 및 7.의 경우 조세감면규제법 제67조 제1항 각호의 요건을 갖춘 5호이상의 국민주택을 5년이상 임대한 후 양도하는 경우로서 당해 임대주택 중 일부를 양도한후 잔여주택을 양도하는 것이 5호 미만인 경우에도 동 양도주택에 대하여는 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면이 적용되는 것이며 (이하 생략)